Najwyższa Izba Kontroli pozytywnie oceniła następujące obszary:

1. Wnioski z analiz i ekspertyz wykonanych przy tworzeniu projektu Polityki energetycznej Polski do 2050 roku dotyczące PPEJ (pkt. 1.1 wystąpienia pokontrolnego),
2. Kształcenie i szkolenie kadr dla instytucji i przedsiębiorstw związanych z energetyką jądrową (pkt. 1.3).
3. Działania informacyjno-edukacyjne dotyczące lokalizacji elektrowni jądrowej oraz składowiska odpadów promieniotwórczych (pkt. 1.4).
4. Działania w zakresie rozwoju zaplecza naukowo-badawczego oraz potencjału polskiego przemysłu dla energetyki jądrowej (pkt. 1.5)
5. Realizacja wniosków pokontrolnych NIK dotyczących PPEJ z 2013 r. (pkt. 3)

Najwyższa Izba Kontroli negatywnie oceniła następujące obszary:

1. Wybór lokalizacji dla składowiska nisko- i średnioaktywnych odpadów promieniotwórczych (pkt. 1.2).
   W zastrzeżeniu skierowanym do NIK Minister Energii stwierdził, że w 2016 r. została wskazana jedna – już przebadana - potencjalna lokalizacja, jednak ze względu na rekomendacje międzynarodowe, podjęto decyzję o konieczności posiadania kilku miejsc do wyboru dla realizacji tej inwestycji.
2. Koordynacja działań PPEJ (pkt. 2.1).
   W zastrzeżeniu skierowanym do NIK Minister Energii stwierdził, że obowiązujące przepisy prawa nie przewidują kierowania – przez ministra odpowiedzialnego za realizację PPEJ – wniosku do Rady Ministrów o podjęcie strategicznej decyzji dotyczącej uruchomienia inwestycji. Rola Rady Ministrów ogranicza się do dokonywania okresowych aktualizacji PPEJ, przyjmowania sprawozdań z jego realizacji oraz do podjęcia kierunkowej decyzji co do zakresu wsparcia dla budowy elektrowni jądrowej. Minister Energii posiada wyłączne kompetencje w zakresie podjęcia strategicznej decyzji dotyczącej uruchomienia inwestycji, która przybiera formę decyzji zasadniczej, czyli wyrażenia akceptacji państwa dla budowy elektrowni jądrowej w konkretnej lokalizacji, przez konkretnego inwestora i z użyciem konkretnej technologii. Minister może wydać taką decyzję wyłącznie na wniosek inwestora. W związku z tym, że inwestor w zakładanym terminie nie wybrał technologii oraz lokalizacji, wydanie przez Ministra Energii decyzji zasadniczej było niemożliwe.
3. Wspieranie prac realizowanych przez Inwestora (pkt. 2.2).
   W zastrzeżeniu skierowanym do NIK Minister Energii stwierdził, że wspierał realizację Programu polskiej energetyki jądrowej działając w ramach swoich kompetencji i uprawnień.
   
   Ocena NIK dot. realizacji "Programu Polskiej Energetyki Jądrowej"