Współpraca Ministerstwa Funduszy i Polityki Regionalnej z organizacjami pozarządowymi pozwala na zaangażowanie społeczeństwa w realizację zadań publicznych oraz na otwartość Ministerstwa na opinie i potrzeby obywateli. Organizacje pozarządowe mogą nawiązać bezpośrednią współpracę z poszczególnymi departamentami Ministerstwa w celu realizacji wspólnych projektów, wymiany doświadczeń lub poszukiwania źródeł finansowania.