Biura i departamenty Departament Budżetu (DBI) Departament Dróg Publicznych (DDP) Departament Edukacji Morskiej (DEM) Departament Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej (DGMiZS) Departament Gospodarki Wodnej (DGW) Departament Kolejnictwa (DTK) Departament Kontroli (DK) Departament Lotnictwa (DL) Departament Nadzoru Właścicielskiego (DNW) Departament Orzecznictwa i Kontroli Gospodarowania Wodami (DOK) z 3