Do zadań Departamentu Audytu i Kontroli należy w szczególności:

1. Planowanie, prowadzenie i dokumentowanie kontroli działalności organów, urzędów i jednostek, wobec których Minister posiada uprawnienia kontrolne.
2. Obsługa kontroli zewnętrznych i prowadzenie kontroli wewnętrznej.
3. Prowadzenie kontroli w zakresie realizacji inwestycji.
4. Przygotowywanie zbiorczych informacji o wynikach przeprowadzonych kontroli na zasadach określonych w obowiązujących przepisach prawa.
5. Przyjmowanie, w tym poprzez obsługę Infolinii dla Obywatela, rozpatrywanie i załatwianie skarg, wniosków, petycji, postulatów oraz innych spraw kierowanych przez obywateli, organizacje społeczne, organizacje związkowe i inne instytucje do ministra oraz ministerstwa.
6. Prowadzenie spraw związanych z oświadczeniami majątkowymi pracowników ministerstwa.
7. Prowadzenie spraw związanych z oświadczeniami lustracyjnymi pracowników ministerstwa, o których mowa w przepisach dotyczących ujawniania informacji o dokumentach organów bezpieczeństwa państwa z lat 1944–1990 oraz treści tych dokumentów.
8. Prowadzenie rejestru wydawanych w ministerstwie upoważnień lub pełnomocnictw do kontroli.
9. Prowadzenie spraw związanych z przyjmowaniem i rozpatrywaniem zgłoszeń naruszeń prawa oraz ochroną osób dokonujących zgłoszenia.
10. Koordynowanie zadań wynikających z ustawy z dnia 1 marca 2018 r. o przeciwdziałaniu praniu pieniędzy oraz finansowaniu terroryzmu (Dz. U. z 2023 r. poz. 1124, 1285, 1723, 1843).
11. Prowadzenie spraw dotyczących podejrzenia popełnienia korupcji, w tym obsługa zgłoszeń a także upowszechnianie wiedzy w zakresie przeciwdziałania korupcji.
12. W strukturze departamentu funkcjonuje wyodrębniony Zespół do Spraw Audytu Wewnętrznego, którego zasady funkcjonowania określają przepisy o finansach publicznych oraz Karta audytu wewnętrznego, zatwierdzona przez Ministra.