Oddział Epidemiologii realizuje zadania w dziedzinie zapobiegania i zwalczania chorób, a w szczególności:
weryfikuje rejestrowane zachorowania na choroby zakaźne w oparciu o Międzynarodową Statystyczną Klasyfikację Chorób i Problemów Zdrowotnych (ICD-10),
analizuje i ocenia sytuację epidemiologiczną w zakresie chorób zakaźnych,
prowadzi nadzór merytoryczny nad dochodzeniami w ogniskach chorób zakaźnych,
prowadzi nadzór epidemiologiczny i wirusologiczny nad grypą,
rejestruje, opracowuje i analizuje ogniska zbiorowych zatruć pokarmowych,
opracowuje informacje na temat chorób szerzących się epidemicznie, dokonuje analiz i ocen epidemiologicznych, w tym systematycznej oceny sytuacji epidemiologicznej na obszarze województwa,
tworzy procedury postępowania na wypadek wystąpienia szczególnie niebezpiecznych chorób zakaźnych,
sprawuje bieżący nadzór, ocenia działania mające na celu wczesne wykrycie i likwidację ognisk szczególnie niebezpiecznych chorób zakaźnych,
sprawuje ciągły nadzór mający na celu wczesne wykrycie i likwidację skutków użycia broni biologicznej,
podejmuje działania związane z systemem wczesnego ostrzegania przed zagrożeniami oraz atakami biologicznymi (RAS-BICHAT),
opracowuje i ocenia stan sanitarny zakładów opieki zdrowotnej,
sprawuje nadzór nad zakażeniami zakładowymi i drobnoustrojami alarmowymi,
sporządza miesięczne raporty o zgonach i podejrzeniach zgonów z powodu chorób zakaźnych,
sporządza raporty (miesięczne, kwartalne, roczne) o zachorowaniach i podejrzeniach zachorowań na wybrane choroby zakaźne,
sprawuje nadzór nad wykonywaniem szczepień ochronnych na terenie województwa oraz przeprowadza analizy w tym zakresie.