Do podstawowych zadań GSSE należy:
ochrona sanitarna granicy państwowej i zewnętrznej granicy Unii Europejskiej,
oraz graniczna kontrola sanitarna towarów przywożonych do Wspólnoty Europejskiej z państw
trzecich, a więc tworzenie skutecznej kontroli medyczno-sanitarnej na granicy w celu ochrony zdrowia ludzkiego.
