Nadzór nad szczepieniami ochronnymi i kontrola ich wykonywania w placówkach służby zdrowia.
Kontrola w zakładach służby zdrowia jakości procesów sterylizacji i dezynfekcji.
Sprawowanie nadzoru we współpracy z innymi komórkami organizacyjnymi stacji nad warunkami higieniczno – sanitarnymi, jakie powinien spełniać personel medyczny, sprzęt oraz pomieszczenia, w których są udzielane świadczenia zdrowotne.
Nadzór nad zabezpieczeniem przeciwepidemicznym masowych zgromadzeń, pielgrzymek, zjazdów, przemieszczeń dużych grup ludzi.
Udział w opiniowaniu projektów objętych nadzorem oraz uczestnictwo w odbiorze tych obiektów.
Na podstawie działalności sekcji wypracowywane są zalecenia i decyzje PPIS w Ełku dotyczące spraw epidemiologicznych w powiecie ełckim.