Wydziały
Wydział Ochrony Przyrody i Obszarów Natura 2000
Do zadań Wydziału należy zarządzanie i koordynowanie zasobami przyrody w celu zachowania zrównoważonego użytkowania oraz odnawiania zasobów, terenów i składników przyrody. Do podstawowych zadań należy m.in.: prowadzenie rejestru form ochrony przyrody, przygotowanie projektów zarządzeń Regionalnego Dyrektora w sprawie rezerwatów przyrody, prowadzenie spraw związanych z przygotowaniem i zatwierdzeniem zadań ochronnych oraz planów ochrony dla rezerwatów przyrody, prowadzenie spraw dotyczących zezwoleń na odstępstwa od zakazów, obowiązujących w rezerwatach przyrody. Ponadto Wydział jest odpowiedzialny za prowadzenie spraw dotyczących zezwoleń na odstępstwa od zakazów obowiązujących w stosunku do gatunków dziko występujących roślin, zwierząt lub grzybów objętych ochroną gatunkową, a także prowadzenie spraw dotyczących sporządzania projektów planów zadań ochronnych i planów ochrony dla obszarów Natura 2000. Wydział prowadzi obsługę organizacyjną Regionalnej Rady Ochrony Przyrody w Białymstoku.
Wydział Ocen Oddziaływania na Środowisko
Do kompetencji Wydziału należy prowadzenie postępowań w sprawie wydania decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach, wydawania opinii w toku postępowań w sprawie wydania decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach oraz uzgodnień w toku oceny oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko, prowadzonych przez inne organy, przeprowadzanie oceny oddziaływania na środowisko oraz współdziałanie z Regionalną Komisją Ocen Oddziaływania na Środowisko.
Wydział Organizacyjno–Finansowy
Do kompetencji Wydziału należy obsługa organizacyjna, administracyjna, kadrowa i finansowa urzędu.
Wydziały Spraw Terenowych
Wydziały są odpowiedzialne za zarządzanie i koordynowanie zasobami przyrody, w celu zachowania zrównoważonego użytkowania oraz odnawiania zasobów, terenów i składników przyrody.