Analiza, o jakiej mowa w art. 598 ust. 1 ustawy Pzp poprzedzająca kontrole zamówień dotyczy prawdopodobieństwa naruszenia prawa w ramach udzielania zamówienia publicznego. Z kolei art. 7 ust. 1 ustawy o RIO, stanowi o przeprowadzanej co najmniej raz na cztery lata kompleksowej kontroli gospodarki finansowej jednostek samorządu terytorialnego. Dopiero w ramach kontroli kompleksowej, organ kontroli podejmuje decyzję, co do objęcia kontrolą poszczególnych zamówień. Oznacza to, że dopiero na etapie planowania i przygotowania kontroli zamówień w ramach konkretnej kontroli kompleksowej – podmiot kontrolujący zobowiązany będzie do przeprowadzenia analizy prawdopodobieństwa wystąpienia naruszeń w konkretnym postępowaniu. Analiza ta powinna być sporządzana przez osobę (jednostkę organizacyjną) uprawnioną – w ramach obowiązującej procedury – do wskazania postępowań poddawanych kontroli.

Trudno mówić o sprzeczności pomiędzy przepisami ustawy o RIO a przepisami ustawy Pzp w zakresie doboru próby do kontroli. Z ustawy o RIO nie wynika bowiem w jaki sposób wybiera się postępowania do próby ani przy użyciu jakiego narzędzia (kwestionariusz kontroli) prowadzi się kontrolę.

Powyższe wynika w szczególności z faktu, że z samego ustalenia, iż w przypadku sprzeczności między przepisami rozdziału o ogólnych przepisach dotyczących kontroli w pzp a przepisami odrębnymi (właściwymi ze względu na organ upoważniony do przeprowadzenia kontroli - przepisami ustawy z 7.10.1992 r. o regionalnych izbach obrachunkowych), stosuje się regulacje rozdz. 1 (dział XI) ustawy pzp nie wynik, że regulacje zawarte w art. 602 pzp ujmować należy jako lex specialis. Lex specialis oznacza normę szczególną, a nie „szczegółową”. Zastosowanie reguły treściowej (lex specialis derogat legi generali) wiąże się z założeniem o „wyjątkowości” (rozumianej jako odstępstwo od ogólnie przyjętej reguły) jednej z norm, a nie o jej kazuistyce.