Henryk Kowalczyk urodził się w 1956 r. w Żabiance.

Poseł na Sejm V, VI, VII, VIII kadencji. W 1980 ukończył studia na Wydziale Matematyki Uniwersytetu Warszawskiego. W latach 1979-1990 pracował, jako nauczyciel matematyki w Zespole Szkół Rolniczych w Golądkowie. Pełnił funkcję wójta gminy Winnica w latach 1990-1998 i 1999-2005. Od 19 lutego do 31 grudnia 1998 roku zajmował stanowisko wojewody ciechanowskiego.

W latach 1999-2002 zasiadał w sejmiku mazowieckim (wybrany został z listy Akcji Wyborczej Solidarność). W latach 1980-1981 przewodniczył komisji zakładowej NSZZ „Solidarność” w Zespole Szkół Rolniczych w Golądkowie. Od 1989 do 1992 r. był przewodniczącym Komitetu Obywatelskiego Gminy Winnica.

Od 7 czerwca 2006 r. do 16 listopada 2007 r. był sekretarzem stanu w Ministerstwie Rolnictwa i Rozwoju Wsi oraz pełnomocnikiem rządu ds. kształtowania ustroju rolnego. 16 listopada 2015 powołany na ministra bez teki w rządzie Beaty Szydło. Objął także funkcję przewodniczącego Komitetu Stałego Rady Ministrów.

Od września do grudnia 2016 pełnił obowiązki Ministra Skarbu Państwa. Również we wrześniu 2016 został wiceprzewodniczącym Komitetu Ekonomicznego Rady Ministrów. 11 grudnia 2017 objął stanowisko ministra bez teki w nowo utworzonym rządzie Mateusza Morawieckiego, ponownie został też przewodniczącym Komitetu Stałego Rady Ministrów.