W ramach II osi realizowane są następujące działania:

2.1 Adaptacja do zmian klimatu wraz z zabezpieczeniem i zwiększeniem odporności na klęski żywiołowe, w szczególności katastrofy naturalne oraz monitoring środowiska,

Budżet: 920 267 366 euro,

Typy projektów:

1. Opracowanie i aktualizacja dokumentów strategicznych/planistycznych,
2. Realizacja zadań poprawiających stan wód,
3. Wsparcie ponadregionalnych systemów małej retencji (zdolność do gromadzenia wody w małych zbiornikach naturalnych i sztucznych oraz wody podpiętrzonej w korytach niewielkich rzek i potoków, w kanałach i rowach),
4. Budowa, przebudowa lub remont urządzeń wodnych przyczyniających się do zmniejszenia skutków powodzi i suszy, wraz z pracami przygotowawczymi,
5. Systemy gospodarowania wodami opadowymi na terenach miejskich,
6. Zabezpieczenie brzegów morskich zagrożonych erozją,
7. Zapobieganie, przeciwdziałanie oraz ograniczanie skutków zagrożeń,
8. Wdrażanie metod obserwacji i zakupy sprzętu w celu usprawnienia systemu monitoringu środowiska,
9. Tworzenie bazy wiedzy i kompetencji w zakresie zmian klimatu i adaptacji do nich,
10.  Działania informacyjno-edukacyjne,
11.  Budowa lodołamaczy,

2.2 Gospodarka odpadami komunalnym,

Budżet: 277 900 534 euro,

Typy projektów:

1. Projekty obejmujące swoim zakresem elementy gospodarki odpadami, w tym instalacje do termicznego przekształcania odpadów (spalarnie),
2. Projekty obejmujące swoim zakresem elementy gospodarki odpadami, z wyłączeniem spalarni odpadów,
3. Projekty dotyczące wyłącznie spalarni odpadów;

2.3 Gospodarka wodno-ściekowa w aglomeracjach,

Budżet: 1 922 472 743 euro,

Typy projektów:

1. Projekty dotyczące gospodarki wodno-ściekowej, realizowane w aglomeracjach o wielkości co najmniej 10 000 RLM (Równoważna Liczba Mieszkańców, czyli wielokrotność wielkości zanieczyszczeń wytwarzanych przez przemysł i firmy usługowe w odniesieniu do przeciętnej ilości ścieków wytwarzanych przez 1 osobę w ciągu doby.),
2. Projekty dotyczące gospodarki wodno-ściekowej realizowane w regionach lepiej rozwiniętych w aglomeracjach o wielkości od 2 000 RLM do 10 000 RLM;

2.4. Ochrona przyrody i edukacja ekologiczna,

Budżet: 136 000 000 euro,

Typy projektów:

1. Ochrona in-situ  (ochrona gatunku chronionego, realizowana w jego naturalnym środowisku życia )lub ex-situ  (ochrona gatunku chronionego realizowana przez przeniesienie go do ekosystemu zastępczego) zagrożonych gatunków i siedlisk przyrodniczych,
2. Rozwój zielonej infrastruktury,
3. Opracowanie instrumentów planistycznych dla obszarów Natura 2000 i parków narodowych,
4. Wsparcie procesu wdrażania instrumentów zarządczych w ochronie przyrody,
5. Prowadzenie działań informacyjno-edukacyjnych w zakresie ochrony środowiska i efektywnego wykorzystania jego zasobów,
6. Rozwój bazy ośrodków prowadzących działalność w zakresie edukacji ekologicznej;

2.5 Poprawa jakości środowiska miejskiego,

Budżet: 251 533 523 euro,

Typy projektów:

1. Wsparcie dla zanieczyszczonych lub zdegradowanych terenów,
2. Rozwój terenów zieleni w miastach i ich obszarach funkcjonalnych,
3. Inwentaryzacja terenów zdegradowanych i zanieczyszczonych.