I i II Priorytet programu FEnIKS przewidują wsparcie dla sektorów energetyka i środowisko. Priorytety te różnicują się z uwagi na źródło finansowania (FS/EFRR).

Niektóre z działań przewidzianych w ramach dwóch pierwszych Priorytetów mają za zadanie synergicznie wpływać na realizację danego celu szczegółowego. Zarówno I jak i II Priorytet mają określonych po pięć rodzajów działań, natomiast oba Priorytety wspierać mają realizację siedmiu celów szczegółowych.

Typy wspieranych projektów sklasyfikowano pod kątem realizacji celów szczegółowych.