Do zakresu działania DKA należy w szczególności prowadzenie spraw dotyczących:

1. koordynowania kontroli prowadzonych w zakresie działu administracji rządowej – oświata i wychowanie;
2. koordynowania spraw związanych z kontrolami zewnętrznymi przeprowadzanymi w Ministerstwie;
3. prowadzenia kontroli projektów realizowanych w ramach Programu Operacyjnego Wiedza Edukacja Rozwój 2014-2020, programu Fundusze Europejskie dla Rozwoju Społecznego 2021-2027 oraz kontroli wdrażanych reform i inwestycji w ramach Krajowego Planu Odbudowy i Zwiększania Odporności, w zakresie właściwości Ministra 
4. monitorowania realizacji zaleceń pokontrolnych wydanych w związku z kontrolami, o których mowa w pkt 1–3; 
5. współpracy z przedstawicielami Komisji Europejskiej i państw członkowskich Unii Europejskiej oraz zagranicznych instytucji i organizacji w zakresie kontroli, o których mowa w pkt 3; 
6. prowadzenia kontroli zleconych przez Prezesa Rady Ministrów, o których mowa w ustawie z dnia 15 lipca 2011 r. o kontroli w administracji rządowej (Dz. U. z 2026 r. poz. 158);
7. koordynowania realizacji zadań związanych z przeciwdziałaniem korupcji;
8. koordynowania ochrony danych osobowych w Ministerstwie; zapewnienie obsługi organizacyjnej i wspieranie w realizacji zadań inspektora ochrony danych; 
9. nadzoru Ministra nad fundacjami, dla których Minister został wskazany jako organ nadzorujący;
10. przyjmowania skarg, wniosków i petycji wpływających do Ministerstwa oraz koordynowania ich rozpatrywania i załatwiania.

W strukturze DKA działa funkcjonalnie niezależna i wyodrębniona komórka audytu wewnętrznego do której zadań należy w szczególności:

• prowadzenie audytu wewnętrznego;
• koordynowanie realizacji spraw z zakresu kontroli zarządczej, dotyczących samooceny kontroli zarządczej i oświadczenia Ministra o stanie kontroli zarządczej;
• obsługa organizacyjna komitetu audytu dla działu administracji rządowej – oświata i wychowanie.