Janusz Kotowski w latach 2006‑2018 piastował urząd prezydenta Ostrołęki. To za jego kadencji utworzono samorządowe Muzeum Żołnierzy Wyklętych w Ostrołęce (w organizacji) (2013 r.), a następnie podpisano umowę o jego wspólnym prowadzeniu z Ministrem Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Wcześniej, w latach 2005-2006, zajmował stanowisko wicemarszałka województwa mazowieckiego. Nadzorował m.in. działalność statutową Muzeum Wsi Radomskiej i Mazowieckiego Centrum Sztuki Współczesnej „Elektrownia” w Radomiu. Jest absolwentem Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. Był również współzałożycielem i dyrektorem Społecznego Liceum Ekonomicznego w Ostrołęce.

1 stycznia 2021 r. został powołany na pełniącego obowiązki dyrektora państwowego Muzeum Żołnierzy Wyklętych. W tym czasie podjął prace nad wystawą stałą Muzeum i otwarciem instytucji dla publiczności, które planowane jest na 1 marca 2022 r.