Zgodnie z przepisami ustawy z dnia 14 lipca 1983 r. o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach (Dz. U. z 2020 r. poz. 164)  w MKiDN funkcjonuje archiwum zakładowe. Jednym z jego podstawowych zadań jest brakowanie dokumentacji niearchiwalnej, w wyniku którego część dokumentacji zgromadzonej w archiwum może zostać zniszczona. Jest to czynność rutynowa, archiwum zakładowe MKIDN regularnie pracuje nad brakowaniem dokumentacji niearchiwalnej. Takie działania były realizowane również w latach ubiegłych – 2020, 2021 i 2022. Obecna umowa została podpisana 5 października 2023 r.

Zgodę na wybrakowanie dokumentacji z lat 1988-2014, zgodnie z przepisami Rozporządzenia Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego, wydał Dyrektor Archiwum Akt Nowych.

Archiwum zakładowe MKiDN prowadzi dokładną ewidencję swojego zasobu oraz wybrakowanych akt.