Muzeum, którego idea sięga otwarcia przez Izabelę z Flemingów Czartoryską Świątyni Sybilli w Puławach, udostępniło swoje zbiory publiczności w Krakowie w 1878 r. Przed II wojną światową w muzeum znajdowały się pamiątki związane z historią Polski, dzieła malarstwa europejskiego, zabytki rzemiosła artystycznego, grafiki, zabytki sztuki starożytnej oraz militaria.

Jeszcze przed wybuchem wojny, w lipcu 1939 r., zarząd Muzeum Książąt Czartoryskich postanowił, że wybrane najcenniejsze dzieła sztuki (w tym obrazy Leonarda, Rafaela i Rembrandta) zostaną przewiezione do Sieniawy i ukryte w piwnicy pałacowej oficyny. Niestety, odnaleźli je tam Niemcy i częściowo je rozkradziono. W celu zabezpieczenia ich przed wojskami sowieckimi za zgodą władz okupacyjnych zbiory muzeum ponownie umieszczono w skrzyniach i przewieziono do pałacu w Pełkiniach, skąd Niemcy zabrali je do Krakowa i złożyli w budynku Biblioteki Jagiellońskiej, który służył za składnicę przedmiotów zabytkowych. Oprócz tych najcenniejszych dzieł sztuki z kolekcji Czartoryskich 29 maja 1940 r. okupanci zabrali 69 przedmiotów, które miały być eksponowane – jak twierdzili – na wystawie „Die Kunst in Polen” w Berlinie.

Zbiory przechowywane były również w składnicy urządzonej w Bibliotece Jagiellońskiej. W 1944 r., w obawie przed zbliżającym się frontem wschodnim, wywieziono je stamtąd na Dolny Śląsk, a potem w głąb Rzeszy.

Lista strat wojennych Muzeum Książąt Czartoryskich w Krakowie liczy 730 pozycji. Niewątpliwie najcenniejszą z nich jest Portret młodzieńca Rafaela Santi (olej na desce, 75 × 59 cm), nr w bazie strat wojennych: 3095.

Do pozostałych strat wojennych Muzeum należą:

• Madonna z Dzieciątkiem na tronie – środkowa część tryptyku, szkoła umbryjska, ok. 1360, tempera, płótno naklejone na deskę, 70 × 35 cm, nr w bazie strat wojennych: 3096;
• Madonna / Święta z otwartą książką, szkoła niderlandzka, pocz. XV w., olej, deska dębowa, 31 × 24,5 cm, nr w bazie strat wojennych: 3094;
• Madonna z Dzieciątkiem i dwoma aniołami, Nereccio Bartolomeo dei Landi (1447–1500), Siena, 2. poł. XV w., tempera, deska topolowa, 52 × 35 cm, nr w bazie strat wojennych: 3093;
• Tryumf cesarza rzymskiego, gobelin flamandzki, XVII w., 375 × 616 cm, nr w bazie strat wojennych: 16297;
• Kielich mszalny i patena, warsztat niemiecki, XVI w., srebro złocone, rytowanie, kielich: 21,5 × ø 12,7 cm, patena: ø 17,1 cm, nr w bazie strat wojennych: 1641, 63508. 

Po 1989 r., dzięki działaniom podjętym przez MKiDN, do zbiorów muzeum odzyskano m.in.:

• w 1997 r.: kobierzec perski, tzw. polski, 1605–1615;
• w 2005 r.: Portret mężczyzny nakładającego rękawiczkę, Jan Mostaert, ok. 1520, portret z kolekcji gołuchowskiej, odzyskany dzięki współpracy z Ambasadą RP w Waszyngtonie i Fundacją XX Czartoryskich.