W 1870 r. powstało Muzeum Miejskie w Gdańsku (Stadtmuseum Danzig), w którym gromadzono dzieła z zakresu malarstwa, rysunku, grafiki i rzeźby. Z kolei w roku 1881 utworzono Muzeum Rzemiosł Artystycznych (Westpreussisches Provinzial Gewerbe-Museum). W 1921 r. obie instytucje połączono w jedną, działającą pod dotychczasową nazwą Muzeum Miejskie. W tym czasie Gdańsk funkcjonował już w ramach ustanowionego w wyniku traktatu wersalskiego Wolnego Miasta. Po zajęciu Gdańska przez wojska niemieckie we wrześniu 1939 r., miasto zostało bezprawnie wcielone do III Rzeszy.

Zabezpieczanie zbiorów muzealnych w Gdańsku rozpoczęło się jeszcze przed wybuchem II wojny światowej – w sierpniu 1939 r. przeniesiono najcenniejsze dzieła z poddasza na krużganki na wypadek ewentualnych nalotów bombowych. W 1941 r. zaczęto modernizować ochronę przeciwpożarową, a w piwnicy zamontowano pancerne drzwi. Miały tam zostać ukryte najdelikatniejsze obiekty ze srebra, bursztynu, porcelany i fajansu. W latach 1943–1945 przeprowadzona została ewakuacja najcenniejszego wyposażenia zabytkowych budowli w Gdańsku. Ewakuowano m.in. retabulum Sądu Ostatecznego Hansa Memlinga, które wówczas przechowywane było w kościele Mariackim, a także zbiory Muzeum Miejskiego. Wytypowano szereg miejscowości w okolicach Gdańska, do których miały zostać przewiezione dzieła sztuki: Orlinki, Giemlice, Sobowidz, Żelisławki, Rusocin, Pręgowo, Tujec, Stegna, Grabiny- -Zameczek, Przywidz, Pawłowo, Mierzeszyn, Rzucewo, Sobowidz. Z polecenia narodowosocjalistycznego gauleitera Gdańska Alberta Forstera jesienią 1944 r. nastąpiła ewakuacja najbardziej wartościowych dzieł sztuki do Halle i zamku Reinhardsbrunn w pobliżu Gothy oraz do niewielkich miejscowości u podnóża gór Rhön w Turyngii. Najcenniejsze dzieło z muzeum – Portret Johanna Schwarzwaldta Hansa Holbeina młodszego – zdeponowano w skarbcu Banku Gdańskiego. Na początku 1945 r. przeniesiono je, podobnie jak część dzieł ukrytych pod Gdańskiem, do piwnic Wielkiej Zbrojowni w Gdańsku. Część obiektów została zabezpieczona na krużgankach Muzeum Miejskiego – kowalstwo, meble i przeszło 400 obrazów. Niestety, większość z tych dzieł spłonęła w czasie działań zbrojnych w marcu 1945 r.

Przez cały okres wojenny, równolegle do akcji zabezpieczania zbiorów, Muzeum Miejskie powiększało swoją kolekcję i prowadziło działalność wystawienniczą. Niemieckiej agresji na kraje europejskie towarzyszyła prowadzona na szeroką skalę akcja rabunkowa dzieł sztuki. Zagrabione dobra kultury były inwentaryzowane i zwożone także do Muzeum Miejskiego, m.in. dzieła z kolekcji Sierakowskich z Waplewa czy kosztowności korporacji Czarnogłowych z Rygi. Rekwirowane dzieła trafiały do domów aukcyjnych i antykwariatów, a następnie do niemieckich kolekcjonerów i instytucji. Z możliwości nabycia nowych eksponatów korzystał także dyrektor gdańskiego Muzeum Miejskiego Willi Drost, wspierany finansowo przez narodowosocjalistyczne władze lokalne.

Straty wojenne muzeum szacuje się na około 2 tysiące obiektów. Do najcenniejszych strat należą:

• Hans Holbein mł., Portret kupca gdańskiego (Johann Schwarzwald?), 1543, tempera na pergaminie, ø 5 cm, nr w bazie strat wojennych: 29081;
• Anton Möller, Sąd Ostateczny, 1595, papier, piórko, pędzel, tusz, lawowanie, 75 × 57,5 cm, nr w bazie strat wojennych: 64393;
• Albrecht Dürer, Melancholia I, 1514, papier, miedzioryt, nr w bazie strat wojennych: 54749;
•  Jacob van Loo, Portret starej kobiety, 1650, olej, płótno, 81,5 × 65 cm, nr w bazie strat wojennych: 2365;
• Jan Heweliusz, Zegar słoneczny z gnomonem, 1638, srebro rytowane, nr w bazie strat wojennych: 64394

 Po 1989 r. dzięki działaniom resortu kultury odzyskano m.in.:

• w 2010 r.: Melchior de Hondecoeter, Martwa natura z ptakami (Trofea myśliwskie), olej, płótno;
• w 2019 r.: Jan Saenredam według Pietera Isaacsza, Portret Hansa von Aachena, miedzioryt, papier.