Muzeum Okręgowe im. Leona Wyczółkowskiego w Bydgoszczy zostało powołane do życia 5 sierpnia 1923 r. W latach 1923–1939 nosiło nazwę Muzeum Miejskie, zaś w czasie okupacji Stadtmuseum. Od 11 kwietnia 1946 r. patronem bydgoskiej placówki jest Leon Wyczółkowski. Początkowo większość zbiorów stanowiły obiekty archeologiczne, rzemiosło artystyczne oraz militaria. Stopniowo, poprzez zakupy oraz dary prywatnych osób, muzeum wzbogaciło się o znaczącą kolekcję malarstwa. W 1937 r. Franciszka Wyczółkowska przekazała do zbiorów 942 prace (obrazy, rysunki, grafiki) oraz elementy wyposażenia pracowni i pamiątki po zmarłym w grudniu 1936 r. Leonie Wyczółkowskim.

W pierwszych latach wojny w muzeum organizowano wystawy i dokonywano zakupów dzieł sztuki. W Archiwum Państwowym w Bydgoszczy znajdują się dokumenty świadczące o wypożyczaniu obrazów przez niemieckich urzędników w celu dekoracji wnętrz biurowych. Obrazy z bydgoskiego muzeum zdobiły także wnętrza Teatru Miejskiego oraz Szpitala Miejskiego.

1 października 1942 r. nadburmistrz Bydgoszczy Walther Ernst wydał nakaz natychmiastowej decentralizacji zbiorów i przewiezienia ich do składnic w okolicznych dworach położonych na zachód i północ od miasta. Decentralizacja miała służyć zabezpieczeniu muzealiów przed zniszczeniem na skutek ewentualnych bombardowań Bydgoszczy. Wybrano miejscowości: Morsk, Kawęcin, Mała Komorza, Kiełpin, Trzciniec, Pobórka, Piotrkówko. Do wypełnienia polecenia nadburmistrza przystąpiono dopiero rok później. W 1943 r. miało miejsce siedem transportów. W roku 1944 dokonano kolejnych wywozów do składnic w miejscowościach: Piotrkówko, Luszkówko, Łochowice, Pobórka, Dębowo, Mała Komorza. Tuż po wyzwoleniu Bydgoszczy rozpoczęto starania o przewiezienie zdecentralizowanych dzieł sztuki z powrotem do miasta. Niestety, wiele obiektów zdeponowanych w składnicach zostało rozgrabionych lub bezpowrotnie zniszczonych.

Na chwilę obecną liczba strat wojennych Muzeum Miejskiego w Bydgoszczy szacowana jest na 1127 obiektów, nie uwzględniając zbiorów archeologicznych i numizmatycznych.

Do najcenniejszych strat wojennych muzeum zalicza się:

• Epizod z wojny szwedzkiej, Józef Brandt, olej, płótno, 140 × 201 cm, nr w bazie strat wojennych: 59163;
• Portret Ireny, żony artysty, Ludomir Sleńdziński, 1925, olej, deska, 46 × 34 cm, nr w bazie strat wojennych: 59182;
• Portret prof. Wyczółkowskiej, Leon Wyczółkowski, 1920, akwarela, karton, 53 × 38 cm, nr w bazie strat wojennych: 9441;
• Heroina, Józef Mehoffer, akwarela, 100 × 140 cm, nr w bazie strat wojennych: 64380;
• Portret kobiecy, Olga Boznańska, olej, płótno, 150 × 90 cm, nr w bazie strat wojennych: 59162.