Muzeum Okręgowe w Toruniu powstało w 1861 r. Jest instytucją o profilu artystyczno-historycznym. Gromadzi zbiory w zakresie: sztuki, historii, archeologii, numizmatyki, medalierstwa, rzemiosła artystycznego, kultury materialnej i etnografii.

W czasie okupacji niemieckiej w miejscu przedwojennego Muzeum Miejskiego działała placówka uruchomiona przez władze niemieckie (Städtisches Museum). Przed jej otwarciem dokonano reorganizacji przedwojennych zasobów muzealnych. Zadaniem zabytków zgromadzonych w niemieckim muzeum było przede wszystkim świadczyć o niemieckości Torunia i uzasadniać propagandowe hasło „Thorn war deutsch, Thorn ist deutsch und Thorn bleibt deutsch” („Toruń był niemiecki, Toruń jest niemiecki i Toruń pozostanie niemiecki”). Dokonano więc selekcji i część przedwojennych polskich zbiorów przeniesiono do budynku przy Rynku Staromiejskim 7. W latach 1941–1943 do zbiorów muzealnych zakupiono około 130 obrazów XIX-wiecznych malarzy niemieckich, ważnych dla kształtowania niemieckiej kultury narodowej. Dzieła te tworzyły otwartą dla zwiedzających od 20 marca 1943 r. miejską galerię malarstwa (Städtisches Gemäldegalerie).

Przygotowania do grabieży polskich dóbr kultury władze niemieckie rozpoczęły w 1942 r., jednak największe nasilenie akcja wywozu dzieł sztuki osiągnęła w roku 1944. Zgodnie z planem ewakuacji opracowanym dla miasta oraz powiatu toruńskiego (tzw. plan „Roland”) ludność i dobra materialne przeznaczone do wywozu miały zostać przetransportowane na teren powiatu sępoleńskiego. W Toruniu osobą odpowiedzialną za grabież dóbr kultury był Adolf Schwammberger, stojący w okresie okupacji na czele miejskiego Urzędu Kultury (Kulturamt) oraz kierujący pracami niemieckiego Muzeum Miejskiego. 7 sierpnia 1944 r., w obawie przed nalotami alianckimi, część zbiorów muzealnych została przeniesiona z gmachu Ratusza do kamienicy przy Rynku Staromiejskim 7. Akcję wywozu spakowanych w skrzynie zabytków kontynuowano we wrześniu 1944 r. Część obiektów trafiła do Wyrzyska, Sępólna Krajeńskiego i Górska. Inne zostały przetransportowane do Marburga nad Lahną, a niektóre przewieziono do nieczynnej kopalni soli w Grasleben w Dolnej Saksonii, przeznaczonej na miejsce gromadzenia dóbr kultury z terenów Rzeszy Niemieckiej. Krótko po wojnie część zagrabionych przedmiotów muzealnych udało się odzyskać, ale wiele z nich zaginęło lub zostało zniszczonych.

Do dziś udało się zidentyfikować 255 obiektów jako straty wojenne muzeum. Najcenniejsze z nich to m.in.:

• Madonna brzemienna (Maria Dobrej Nadziei), rzeźba z wapienia, ok. 1400, 43 cm, nr w bazie strat woje nych: 12575;
• Bartłomiej Strobel (uczeń?), Władysław IV i hołd Malborka, olej na desce, ok. 1640, 135 × 299 cm, nr w b zie strat wojennych: 12573;
• Św. Hieronim w pustelni, Albrecht Dürer, drzeworyt, 1512, nr w bazie strat wojennych: 64031;
• Sąd Salomona, olej na desce, XVI/XVII w., nr w bazie strat wojennych: 12570;
• Album rysunków, Jerzy Fryderyk Steiner, 128 rysunków, 1. poł. XVIII w., nr w bazie strat wojennych: 64147;
• Miecz z Konojadów, gm. Jabłonowo Pomorskie, brąz, IV okres epoki brązu, 1000–800 p.n.e., nr w bazie strat wojennych: 64093.