Marek Szymanowski 15 listopada 1993 r. został mianowany asesorem sądowym w Sądzie Rejonowym w Wysokiem Mazowieckiem. Na podstawie postanowienia Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z 14 lipca 1995 r. został powołany na stanowisko sędziego Sądu Rejonowego w Wysokiem Mazowieckiem. Od 1 maja 1999 r. do 31 grudnia 2000 r. był delegowany do pełnienia obowiązków sędziego w Sądzie Okręgowym w Łomży, a od 1 kwietnia 2001 r. do 31 grudnia 2001 r. do Ministerstwa Sprawiedliwości.

Postanowieniem Prezydenta RP z 18 sierpnia 2003 r. został powołany na stanowisko sędziego Sądu Okręgowego w Łomży. Następnie, od 1 lipca 2008 r. do 21 grudnia 2012 r. pełnił funkcję wiceprezesa Sądu Okręgowego w Łomży. Od 1 września 2012 r. był delegowany do pełnienia obowiązków sędziego w Sądzie Apelacyjnego w Białymstoku.

7 stycznia 2013 r. postanowieniem Prezydenta RP został powołany na stanowisko sędziego Sądu Apelacyjnego w Białymstoku, gdzie od 2015 r. pełni funkcję wizytatora ds. pracy i ubezpieczeń społecznych. Natomiast Minister Sprawiedliwości delegował Marka Szymanowskiego na okres od 1 kwietnia 2024 r. do 30 czerwca 2024 r. do pełnienia czynności sędziowskich w Sądzie Najwyższym – Izba Pracy i Ubezpieczeń Społecznych.