Po trzech latach od powołania Akademii Kopernikańskiej i po dwóch latach od powołania Szkoły Głównej Mikołaja Kopernika zdecydowano o rozpoczęciu procesu likwidacji obu instytucji. Projekt ustawy likwidacyjnej został przyjęty przez rząd 20 maja 2025 r., a jego II czytanie w Sejmie zaplanowano na 9 lipca 2025 r. Jako główne powody takiej decyzji wskazywane są m.in. niska efektywność działania obu instytucji, brak wymiernych efektów naukowych w stosunku do ponoszonych kosztów, a także zbędne dublowanie zadań już realizowanych przez uznane jednostki, takie jak Polska Akademia Nauk czy Narodowa Agencja Wymiany Akademickiej.

Minister Marcin Kulasek podkreślił, że likwidacja Akademii Kopernikańskiej i Szkoły Głównej Mikołaja Kopernika to krok w stronę efektywnego zarządzania środkami publicznymi i wzmocnienia jakości polskiej nauki. – Eliminujemy nieefektywne struktury i koncentrujemy środki na instytucjach z realnym dorobkiem naukowym. To działanie zgodne z oczekiwaniami środowiska naukowego oraz programem rządu – zaznaczył minister.

Kwestia efektywnego zarządzania środkami publicznymi odnosi się także do nieprawidłowości w wykonaniu planów finansowych Akademii – Ministerstwo Finansów dotąd dwa razy zwracało uwagę na ich nieprawidłowe wykonanie – uwagi dotyczyły lat budżetowych 2022 i 2023. Nie ma jeszcze danych dotyczących poprzedniego roku.

Andrzej Szeptycki, podsekretarz stanu w Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego zwrócił z kolei uwagę na bardzo wysokie wynagrodzenia w Akademii Kopernikańskiej. W 2024 r. przeciętne wynagrodzenie wyniosło prawie 20 tys. zł. Wiceminister poinformował także o braku ciągłości zarządzania w Szkole Głównej Mikołaja Kopernika. Od czasu jej utworzenia, funkcję rektora albo p.o. rektora pełniło aż pięć osób. – Oba te miejsca – Akademia Kopernikańska i Szkoła Głowna Mikołaja Kopernika są przejawem „instytutozy”, czyli tworzenia nowych instytucji w celu realizacji stricte politycznych celów – podkreślił wiceminister.

Warte zaznaczenia jest także szerokie poparcie środowiska naukowego dla planów likwidacji. Projekt ustawy nie spotkał się ze sprzeciwem organizacji naukowych podczas konsultacji publicznych, co potwierdza ten wniosek. Jednocześnie, w przypadku podpisania ustawy przez Prezydenta RP, projekt daje gwarancję kontynuacji kształcenia wszystkim studentom i doktorantom związanym z obiema instytucjami – znajdą miejsce na innych uczelniach lub szkołach doktorskich.