Wiceminister Bernacki jest profesorem nauk humanistycznych. W 1988 r. rozpoczął pracę na Uniwersytecie Jagiellońskim, gdzie kolejno był zatrudniony na stanowisku asystenta, adiunkta i profesora nadzwyczajnego. W 2008 r. objął funkcję dyrektora Instytutu Nauk Politycznych i Stosunków Międzynarodowych na UJ. W tym samym roku został profesorem tej uczelni. Jest członkiem Ośrodka Myśli Politycznej. Wykładał w Państwowej Wyższej Szkole Wschodnioeuropejskiej w Przemyślu, Krakowskiej Akademii im. A. Frycza Modrzewskiego oraz w Akademii Ignatianum w Krakowie. Senator bieżącej kadencji, poseł na Sejm VII i VIII kadencji.

Jest autorem i współautorem kilkunastu książek oraz kilkuset artykułów naukowych.