W zakresie współpracy dwustronnej Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego współdziała z wieloma państwami zarówno z Europy, jak i innych kontynentów. Rolą wzajemnych kontaktów jest wspieranie rozwoju współpracy w obszarze szkolnictwa wyższego i nauki oraz programowanie strategicznych celów w ramach prowadzonej polityki stypendialnej Rządu RP.

W ramach tej współpracy Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego oraz jego odpowiednicy w innych państwach m.in. wspierają wymianę studentów, badaczy i ekspertów z obszaru edukacji wyższej, zachęcają uczelnie i jednostki naukowe do nawiązywania kontaktów, czy też prowadzą wymianę informacji, doświadczeń i dobrych praktyk.

Podstawą omawianej współpracy są zawierane umowy dwustronne, a także memoranda o porozumieniu, które stanowią wyraz intencji obu stron do podejmowania wspólnych działań w zakresie szkolnictwa wyższego. Umowy zawarte przez ministra właściwego ds. nauki i szkolnictwa wyższego można znaleźć w bazie traktatowej Ministerstwa Spraw Zagranicznych. Deklaracje dotyczące współpracy bilateralnej w obszarze szkolnictwa wyższego znajdują się także w porozumieniach o szerszym charakterze np. umowach o współpracy w zakresie nauki, edukacji, kultury i sportu.