Obejmuje sektory o rozproszonych emisjach, trudniejsze do monitorowania i regulowania przez rynek emisji.

Obejmuje: transport, sektor komunalno-bytowy, gospodarkę odpadami oraz rolnictwo.

Redukcja emisji w tym sektorze jest regulowana na poziomie krajowym. Każde państwo członkowskie ma określony cel redukcji emisji do 2030 r., dla Polski jest to spadek emisji w we wszystkich sektorach non-ETS łącznie o co najmniej 17,7% w stosunku do poziomu z roku 2005. 

Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2018/842 w sprawie wiążących rocznych redukcji emisji gazów cieplarnianych przez państwa członkowskie od 2021 r. do 2030 r. nie rozdziela celu na poszczególne sektory, zatem rolnictwo obecnie nie ma określonego indywidualnego celu redukcyjnego.

W ramach rewizji dyrektywy ustanawiającej system EU ETS w 2023 r. stworzono nowy system handlu uprawnieniami do emisji o nazwie ETS2, odrębny od istniejącego EU ETS. Ten nowy system obejmie emisje CO2 ze spalania paliw w budynkach, transporcie drogowym i sektorach dodatkowych (głównie drobny przemysł nieobjęty istniejącym systemem EU ETS). Niemniej jednak emisje z sektorów ETS2 nadal będą rozliczane w systemie non-ETS.