Zadaniem Komisji jest usuwanie skutków prawnych decyzji reprywatyzacyjnych dotyczących nieruchomości warszawskich, wydanych z naruszeniem prawa. Ponadto Komisja może występować do właściwych organów w razie stwierdzenia w toku postępowania przed Komisją okoliczności sprzyjających wydawaniu decyzji reprywatyzacyjnych z naruszeniem prawa lub popełnianiu przestępstw bądź okolicznościach utrudniających ich ujawnianie.