Apteki szpitalne powstają w szpitalach lub innych podmiotach leczniczych, które wykonują stacjonarne i całodobowe świadczenia zdrowotne. Apteki te powinny znajdować się na terenie szpitala tak, aby zapewnić prawidłowe zaopatrzenie oddziałów w leki i wyroby medyczne. Apteka szpitalna powinna odpowiadać tym samym wymaganiom, co lokal apteki ogólnodostępnej.

Aby uruchomić aptekę szpitalną, kierownik podmiotu leczniczego musi uzyskać zgodę właściwego wojewódzkiego inspektora farmaceutycznego.