Sprawozdanie finansowe Funduszu jest sporządzane przez Prezesa NFZ. Podlega ono badaniu przez biegłego rewidenta oraz zatwierdzeniu przez Ministra Finansów – po zasięgnięciu opinii ministra zdrowia a następnie przedkładanie, wraz z opinią ministra właściwego do spraw zdrowia, Sejmowi Rzeczypospolitej Polskiej do dnia 31 sierpnia roku następującego po roku, którego to sprawozdanie dotyczy.