Zadania przychodni określa jej statut, nadany przez Ministra Spraw Zagranicznych. Przychodnia sprawuje opiekę specjalistyczną nad pracownikami MSZ w kraju i za granicą, pracownikami innych instytucji skierowanymi do pracy na placówkach oraz ich rodzinami.

Głównym zadaniem Przychodni Lekarskiej jest profilaktyka oraz minimalizowanie skutków chorób, które mogłyby osłabić kondycję członków Służby Zagranicznej i ich zdolność do pełnienia swojej misji. Przychodnia przeprowadza badania okresowe z zakresu medycyny pracy i kwalifikacje do wyjazdów, wizytuje placówki zagraniczne, monitoruje proces leczenia za granicą, ewakuuje chorych z krajów o niskim standardzie opieki zdrowotnej, współdziała z odpowiednikami z krajów Unii Europejskiej oraz w innych krajach.