Urodził się w 1963 r w Bydgoszczy, gdzie uczęszczał do szkoły podstawowej i VI LO im. Jana i Jędrzeja Śniadeckich. W latach 1982 – 1987 studiował historię na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, w roku 1999 uzyskał doktorat w Instytucie Studiów Politycznych PAN.

W l. 1987 – 1988 Pracował jako korektor w Wydawnictwie Archidiecezji Warszawskiej, następnie jako redaktor w Ośrodku Dokumentacji i Studiów Społecznych oraz w charakterze badacza stowarzyszonego w Centre National de la Recherche Scientifique w Paryżu. W latach 1989 – 1991 był zatrudniony w Wydawnictwie Res Publica. W 1991 roku związał się z Ośrodkiem Studiów Wschodnich, gdzie pracował do 1993 roku, po czym podjął pracę w charakterze dyrektora Forum Europy Środkowej i Wschodniej w Fundacji im. S. Batorego. Od 1998 pracuje w Ministerstwie Spraw Zagranicznych. Pracował w ambasadach polskich w Moskwie i Kijowie, pełnił funkcję dyrektora Departamentu Polityki Wschodniej. 2008 r. został głównym doradcą Prezesa Rady Ministrów ds. bezpieczeństwa energetycznego. W l. 2008 – 2010 ambasador RP w Bukareszcie a następnie w l. 2010  - 2014 ambasador w Moskwie. W l. 2014 - 2018 kierował Departamentem Strategii i Planowania MSZ. W latach 2018 -2023 pełnił funkcję ambasadora RP w Pekinie. Po powrocie do kraju objął stanowisko zastępcy dyrektora a następnie dyrektora Departamentu Azji i Pacyfiku. Od 2024 roku równolegle kierował Departamentem Wschodnim.

Autor ok. 70 publikacji, głównie nt. Europy Wschodniej i metod pracy analitycznej.

Podsekretarz stanu Wojciech Zajączkowski koordynuje politykę wobec Afryki, Bliskiego Wschodu, Europy Wschodniej i Ameryki Łacińskiej, nadzorując odpowiednie departamenty w MSZ. Pełni również funkcję Krajowego Koordynatora Współpracy Rozwojowej i odpowiada za międzynarodową współpracę rozwojową, nadzorując działania Departamentu Współpracy Rozwojowej.