Głównym zadaniem KAS jest skuteczna walka z przestępczością gospodarczą i oszustwami podatkowymi. Kluczowe jest dalsze ograniczanie „szarej strefy”, przeciwdziałanie np. karuzelom podatkowym czy zmniejszanie luki VAT. Chodzi także o eliminowanie z rynku towarów nielegalnych, nieopodatkowanych lub stanowiących zagrożenie dla obywateli.

Od czasu utworzenia KAS, zarówno ściągalność podatków, jak i skuteczność kontroli, znacząco wzrosła. Przekłada się to np. na znaczne zmniejszenie luki w podatku VAT i większe wpływy dla budżetu. Luka w podatku VAT, czyli różnica miedzy kwotą spodziewanych dochodów z podatku VAT a faktycznie pobraną kwotą podatku, zmniejszyła się z poziomu 24,1 proc. w 2015 r. do 4,3 proc. w 2021 r.

Najważniejsze cele programu

• Zwiększenie skuteczności i efektywności wykonywania zadań przez pracowników i funkcjonariuszy Służby Celno-Skarbowej, dzięki motywującym narzędziom regulacji wynagrodzeń i uposażeń.
• Wzrost konkurencyjności zatrudnienia w jednostkach organizacyjnych KAS.
• Zwiększenie skuteczności i efektywności poboru danin, w tym podatków, należności niepodatkowych oraz ceł.
• Poprawa skuteczności zwalczania przestępstw w zakresie działania KAS, dzięki  zastosowaniu odpowiedniego sprzętu do kontroli celno-skarbowej. Chodzi także o zwiększenia bazy sprzętowej i transportowej oraz składników indywidualnego wyposażenia pracowników i funkcjonariuszy, którzy pracują oraz pełnią służbę w KAS.
• Poprawa sprawności działania KAS, dzięki zapewnieniu właściwych standardów powierzchni biurowej dla każdego zatrudnionego i pełniącego służbę, z uwzględnieniem dostępu do sieci teleinformatycznej i urządzeń komputerowych. Chodzi również o obniżenie kosztów bieżącej działalności, dzięki rezygnacji z najmu biur zlokalizowanych w dużych ośrodkach miejskich.