Celem głównym NPT jest zwiększenie liczby pobieranych i przeszczepianych komórek, tkanek  i narządów, co pozwoli przybliżyć się do wskaźników europejskich w zakresie liczby pobieranych i przeszczepianych narządów, tkanek i komórek.

Celami szczegółowymi NPT są:

1. wsparcie procesów leczenia przeszczepianiem komórek, tkanek lub narządów;
2. rozwój sieci koordynatorów transplantacyjnych oraz zwiększenie liczby personelu medycznego zaangażowanego w pobieranie i przeszczepianie komórek, tkanek i narządów;
3. podnoszenie wiedzy, umiejętności i kompetencji koordynatorów transplantacyjnych oraz personelu medycznego zaangażowanego w pobieranie i przeszczepianie komórek, tkanek i narządów;
4. poprawa i unowocześnienie podmiotów przeszczepiających komórki, tkanki lub narządy, banków tkanek i komórek, medycznych laboratoriów diagnostycznych testujących komórki, tkanki lub narządy, szpitali aktywnych lub z potencjałem identyfikacji potencjalnych dawców zmarłych oraz innych podmiotów, których działalność wpływa na liczbę dawców lub przeszczepień;
5. rozwój, doskonalenie i modernizacja ustawowych rejestrów transplantacyjnych, w tym
6. w zakresie umożliwiającym monitorowanie jakości świadczeń w transplantologii;
7. zwiększenie społecznej świadomości na temat leczenia z wykorzystaniem przeszczepienia narządów, tkanek i komórek, wraz z jednoczesnym uwzględnieniem akcji edukacyjnych w zakresie obowiązujących rozwiązań prawnych dotyczących dawstwa;
8. zwiększenie liczby przeszczepień od dawców żyjących.

Kierunki interwencji NPT to:

1. inwestycje w zdrowie pacjenta;
2. inwestycje w personel;
3. inwestycje w infrastrukturę podmiotów związanych z transplantacją;
4. inwestycje w działalność promocyjno-edukacyjną.