Pierwszym dyrektorem urzędu został kpt. ż. w. Jan Godecki. W 1948 roku Szczeciński Urząd Morski (tak oficjalnie nazywał się urząd w latach 1948-1975) wydobył 135 wraków statków i urządzeń zalegających w wodach morskich oraz przeładował w porcie Szczecin ponad 3 tysiące ton towarów. Okres wczesnych lat pięćdziesiątych to przede wszystkim odbudowa portów i usuwanie zniszczeń wojennych. Rozpoczęto także pomiary batymetrii toru wodnego i prace pogłębiarskie, by w roku 1957 uzyskać głębokość 12 m na torze podejściowym do Świnoujścia i 9,6 m na torze wodnym Świnoujście–Szczecin. W 1960 r. zaczęły się prace nad dalszą, stopniową poprawą parametrów torów wodnych, czego końcowym efektem było osiągnięcie w 1984 r. głębokości co najmniej 10,5 m i szerokości w dnie 90 m na całej długości toru Świnoujście–Szczecin.

Lata sześćdziesiąte ubiegłego stulecia upłynęły pod znakiem prac związanych z zabezpieczaniem brzegu morskiego oraz uruchamianiem latarń morskich. W 1969 r. odbyło się uroczyste otwarcie północnego toru wodnego do Świnoujścia dla statków o zanurzeniu 36 stóp (10,97 m).

Początek XXI wieku to czas wielkich inwestycji infrastrukturalnych, w tym również tych, które stały się możliwe dzięki wejściu Polski do Unii Europejskiej. Pierwszym projektem Urzędu, zrealizowanym w latach 2009-2012 dzięki dofinansowaniu UE, była przebudowa ówczesnego falochronu wschodniego (obecnie centralnego) w Świnoujściu, a kolejnym - przebudowa umocnień brzegowych Kanału Piastowskiego i Kanału Mielińskiego na odcinku o długości ponad 8 km w latach 2013-2015. Inwestycja ta była kontynuacją zrealizowanego w latach 2000-2004 pierwszego etapu modernizacji toru wodnego Świnoujście–Szczecin, obejmującego budowę nowych falochronów przy wyjściu Kanału Piastowskiego na Zalew Szczeciński oraz przebudowę umocnień brzegowych Kanału Piastowskiego na odcinku 3 km.

W latach 2010-2014 Urząd Morski w Szczecinie wybudował infrastrukturę zapewniającą dostęp do portu zewnętrznego w Świnoujściu, który powstał w związku z budową terminala LNG, a w latach 2018-2022 zmodernizował tor wodny Świnoujście–Szczecin poprzez pogłębienie go na długości ok. 62 km do 12,5 metra, z jednoczesnym poszerzeniem do 100 m. Dzięki tej inwestycji maksymalne dopuszczalne zanurzenie statków zawijających do Szczecina zwiększyło się do 11 m.

Możliwość wykorzystania funduszy europejskich dała także szansę na modernizację floty Urzędu i zakup m.in. nowych jednostek służących do przeprowadzania inspekcji i kontrolowania akwenów, prowadzenia pomiarów batymetrycznych i monitorowania głębokości na torach wodnych, obsługi pływającego oznakowania nawigacyjnego czy eliminowania wypłyceń. W latach 2018-2020 zostały wybudowane dwa bliźniacze, nowoczesne statki wielozadaniowe (jeden dla Urzędu Morskiego w Szczecinie, drugi dla Urzędu Morskiego w Gdyni) z podstawową funkcją lodołamacza pełnomorskiego, wykorzystywane do transportu, obsługi i wymiany pław morskich, wyposażone w specjalistyczne urządzenia, niezbędne do wykonywania pomiarów hydrograficznych i opracowywania danych batymetrycznych, a także zdolne do wspomagania innych służb przy prowadzeniu akcji ratowniczych, przeciwpożarowych i zwalczania rozlewów olejowych. Dzięki środkom europejskim od 2014 roku realizowane są także projekty związane z ochroną brzegów morskich.

Najważniejsze i największe realizowane obecnie przez Urząd Morski w Szczecinie inwestycje to budowa nowego, wschodniego toru podejściowego i falochronu dla nowego portu zewnętrznego w Świnoujściu, poszerzenie do 500 m odcinka toru wodnego o długości 33,5 km na podejściu do portu morskiego w Świnoujściu, budowa mijanki dla statków w Kanale Polickim, budowa pogłębiarki dla utrzymania torów podejściowych do Świnoujścia i toru wodnego Świnoujście–Szczecin oraz budowa nowego stawiacza pław do obsługi oznakowania nawigacyjnego.