• inicjowanie, opracowanie i wdrażanie polityki Ministra w zakresie gospodarki wodnej;
• współudział i koordynacja działań związanych z ochroną wód oraz ochroną wód Morza Bałtyckiego, w tym prowadzenie spraw związanych z członkostwem Polski  w Konwencji o ochronie Morza Bałtyckiego (HELCOM);
• prowadzenie spraw związanych z realizacją Krajowego Programu Oczyszczania Ścieków Komunalnych oraz Programu Ochrony Wód Morskich;
• koordynacja działań związanych z przygotowaniem planów gospodarowania wodami, planów zarządzania ryzykiem powodziowym oraz spraw związanych z nadzorem nad realizacją projektów przeciwpowodziowych, w tym projektów finansowanych ze środków Banku Światowego oraz środków UE;
• współpraca z Komisją Europejską w zakresie związanym z ochroną wód w Polsce;
• współpraca z komisjami do spraw wód granicznych.

Ponadto DGW inicjuje, opracowuje i wdraża politykę Ministra w zakresie gospodarki wodnej. Przekazuje i udostępnia Komisji Europejskiej informacje, sprawozdania i dokumenty wynikające z Ramowej Dyrektywy Wodnej, dyrektywy w sprawie oceny ryzyka powodziowego [1], dyrektywy ws. substancji priorytetowych [2], dyrektywy ramowej w sprawie strategii morskiej [3], dyrektywy w sprawie oczyszczania ścieków komunalnych [4], dyrektywy azotanowej [5].

Do obowiązków departamentu należy także obsługa Państwowej Rady Gospodarki Wodnej.

Departament prowadzi nadzór nad:

• Państwowym Gospodarstwem Wodnym Wody Polskie w Warszawie;
• Instytutem Meteorologii i Gospodarki Wodnej - Państwowym Instytutem Badawczym w Warszawie. 

[1] Dyrektywa 2007/60/WE Parlamentu Europejskiego i Rady w sprawie oceny ryzyka powodziowego i zarządzania nim.

[2] Dyrektywa Parlamentu Europejskiego i Rady 2013/39/UE z dnia 12 sierpnia 2013 r. zmieniająca dyrektywy 2000/60/WE i 2008/105/WE w zakresie substancji priorytetowych w dziedzinie polityki wodnej.

[3] Dyrektywa Parlamentu Europejskiego i Rady 2008/56/WE z dnia 17 czerwca 2008 r. ustanawiająca ramy działań Wspólnoty w dziedzinie polityki środowiska morskiego (dyrektywa ramowa w sprawie strategii morskiej).

[4] Dyrektywa Rady (91/271/EWG) z dnia 21 maja 1991 r. dotycząca oczyszczania ścieków komunalnych.

[5] Dyrektywa Rady (91/676/EWG z dnia 12 grudnia 1991 r. dotycząca ochrony wód przed zanieczyszczeniami powodowanym i przez azotany pochodzenia rolniczego).