Nowo wybudowany dworzec zastąpił stary i niefunkcjonalny budynek. Obiekt powstał jako jeden z tzw. Innowacyjnych Dworców Systemowych według autorskiego projektu Polskich Kolei Państwowych, w ramach którego w całym kraju do 2023 roku powstanie 40 niewielkich, nowoczesnych i proekologicznych dworców. W Nidzicy, podobnie jak na innych tego typu stacjach, pasażerowie mają do dyspozycji ogrzewaną i klimatyzowaną poczekalnię, ogólnodostępne toalety wyposażone w przewijaki dla niemowląt, zadaszoną poczekalnię zewnętrzną, a także rozwiązania architektoniczne i użytkowe, dzięki którym cały obiekt i jego najbliższe otoczenie są w pełni przystosowane do obsługi wszystkich podróżnych, niezależnie od ich stanu zdrowia, kondycji fizycznej czy wielkości bagażu, z którym podróżują.

Budynek pozbawiony jest barier architektonicznych i posiada wiele udogodnień dla osób niepełnosprawnych, takich jak brak progów, szerokie przejścia, ścieżki prowadzące dla osób niewidomych i niedowidzących, dotykowe plany dworca oraz odpowiednio przystosowane toalety. W nowym dworcu znalazły się także pomieszczenia kasy biletowej oraz urządzenia Systemu Dynamicznej Informacji Pasażerskiej, na który składają się wyświetlacze z informacjami o odjazdach i przyjazdach pociągów oraz nagłośnienie do komunikatów głosowych. Tworząc program Innowacyjnych Dworców Systemowych, PKP zadbały także o rozwiązania proekologiczne, takie jak panele fotowoltaiczne, odzyskiwanie wody deszczowej do spłukiwania toalet, oświetlenie LED czy pompy ciepła. Całości dopełniają systemy bezpieczeństwa: monitoring oraz sygnalizacja włamania i napadu.

Dzięki zrealizowanej inwestycji nie do poznania zmieniła się przestrzeń wokół dworca kolejowego. Pojawiły się nowe nawierzchnie, 7 miejsc parkingowych, w tym dwa dla osób z niepełnosprawnościami oraz takie elementy małej architektury jak ławki, kosze na śmieci i pojemna wiata rowerowa z dwoma stacjami naprawy jednośladów. Nową funkcję będzie pełniła dawna rampa, która zamieniona została w strefę relaksu.
Całkowity koszt inwestycji to 17,5 mln zł. Budowa Innowacyjnego Dworca Systemowego w Nidzicy jest współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Programu Operacyjnego Polska Wschodnia.