Przebudowa dworca w Prabutach rozpoczęła się w styczniu 2020 r.  Na placu budowy w dużej mierze zostały już zakończone prace rozbiórkowe. Obecnie wykonawca prowadzi roboty, które umożliwią przeprowadzenie dalszych prac konstrukcyjnych związanych z wymianą więźby dachowej. Rozpoczęła się również renowacja elewacji dworca. Odzyska ona oryginalny wygląd, a odnowieniu zostaną poddane również znajdujące się na niej detale architektoniczne, w tym charakterystyczna, znajdująca się nad wejściem do dworca od strony miasta, wieżyczka. Na niej zaprojektowano charakterystyczny zegar kolejowy. Całość budynku zyska również nową iluminację.

Prowadzone obecnie prace to jedynie część kompleksowej przebudowy dworca wraz z jego najbliższym otoczeniem. Na nowo zostanie zaaranżowana przestrzeń obsługi podróżnych, która będzie mieścić się na parterze budynku dworca i składać się z holu pełniącego również funkcję poczekalni, z wydzieloną częścią dla rodziców z dziećmi, pomieszczeniami kasy biletowej oraz ogólnodostępnymi toaletami. Do holu dostaniemy się od strony południowej oraz od peronów. Przy obu wejściach zostaną wykonane specjalne pochylnie dla osób z niepełnosprawnościami. Usprawnień dla podróżnych będzie więcej. W ramach przebudowy dworca zlikwidowane zostaną bariery architektoniczne, wykonane ścieżki prowadzące dla osób niewidomych i niedowidzących (również w najbliższym otoczeniu dworca), oznaczenia w alfabecie Braille’a czy mapy dotykowe. Nowością i ułatwieniem dla podróżnych będą również elektroniczne tablice wyświetlające przyjazdy i odjazdy pociągów, a także system informacji głosowej. Dzięki zainstalowaniu nowoczesnych systemów monitoringu, kontroli dostępu, sygnalizacji włamania i napadu oraz systemu sygnalizacji pożaru, przebudowany dworzec będzie obiektem w pełni bezpiecznym. 

Dworzec stanie się również bardziej przyjazny środowisku poprzez przeprowadzenie jego termomodernizacji (ocieplenie dachu, ścian od wewnątrz, wymianę okien na te o niższym współczynniku przenikaniu ciepła) oraz zastosowanie energooszczędnego oświetlenia. Praca nowych instalacji oraz urządzeń będzie nadzorowana przez system BMS (Building Management System).

Metamorfozę przejdzie otoczenie budynku dworca. Powstanie wiata rowerowa ze stojakami rowerowymi. Na placu przed dworcem i w jego bezpośrednim otoczeniu zostanie wymieniona nawierzchnia. Pojawi się również nowa mała architektura oraz oświetlenie. W bezpośrednim sąsiedztwie budynku wzdłuż chodnika zlokalizowano postój dla taksówek, a od strony ulicy sześć miejsc parkingowych, w tym dwa przeznaczone dla osób z niepełnosprawnościami. Uporządkowane zostaną również teren zielone.

Dworzec w Prabutach jest obiektem objętym ochroną konserwatorską, został wybudowany w latach 20. XX wieku, w wyniku przebudowy historycznego dworca z 1876 roku.