Zgodnie z Ustawą z dnia 21 grudnia 2000 r. o żegludze śródlądowej, minister właściwy ds. żeglugi śródlądowej:

• sprawuje nadzór nad działalnością dyrektorów urzędów żeglugi śródlądowej w zakresie uregulowanym w niniejszej ustawie,
• pełni funkcję organu kontroli nad instytucjami klasyfikacyjnymi w zakresie przestrzegania przepisów ustawy,
• powołuje i odwołuje dyrektora urzędu żeglugi śródlądowej, a także dyrektora delegatury urzędu żeglugi śródlądowej,
• wydaje zezwolenia na uprawianie żeglugi przez statek obcy na polskich śródlądowych drogach wodnych, w przypadku prowadzenia regularnej żeglugi między polskimi portami lub między portem polskim a portem państwa trzeciego,
• opracowuje plan lub program rozwoju śródlądowych dróg wodnych o szczególnym znaczeniu transportowym,
• wydaje rozporządzenia zgodnie z upoważnieniami ustawowymi zawartymi w ustawie.