Geneza obecnej współpracy w ramach HELCOM sięga okresu lat 70-tych XX wieku.

Odnotowany wówczas we wszystkich państwach regionu Morza Bałtyckiego wzrost produkcji przemysłowej i generowanych w jego wyniku zanieczyszczeń Morza Bałtyckiego, jak i konieczność poszukiwania nowych rozwiązań na rzecz rozwiązania ww. problemu, stanowiły czynniki inicjujące pierwsze próby nawiązania współpracy międzynarodowej pomimo ówczesnego podziału państw regionu Morza Bałtyckiego na dwa przeciwstawne bloki polityczne.

Nawiązaniu ówczesnej współpracy na płaszczyźnie ochrony środowiska w rejonie Morza Bałtyckiego sprzyjały również takie czynniki jak: niskie obciążenie ww. kwestii podziałami politycznymi pomiędzy państwami, jak i doświadczenia dotychczasowej współpracy w ramach wypracowanych międzynarodowych konwencji dot. kwestii związanych z ochroną środowiska morskiego w ramach m.in. prac wyspecjalizowanej agencji Narodów Zjednoczonych, tj. Międzyrządowej Morskiej Organizacji Doradczej, IMCO (obecnie: Międzynarodowej Organizacji Morskiej, IMO).

Jako istotne dokumenty dla uregulowania i rozwoju współpracy w zakresie ochrony środowiska morskiego regionu Morza Bałtyckiego należy wskazać przyjęte wówczas dwie konwencje regionalne:

• Konwencję o rybołówstwie i ochronie żywych zasobów w Morzu Bałtyckim i Bełtach, sporządzoną w Gdańsku dnia 13 września 1973 r. (tzw. Konwencję Gdańską) – przyjętą podczas konferencji dyplomatycznej państw regionu jako pierwszego oficjalnego spotkania tych państw po zakończeniu II wojny światowej. Państwa regionu Morza Bałtyckiego zobowiązały się do ochrony żywych zasobów  oraz podjęcia bezpośrednich działań na rzecz odtworzenia i zwiększenia zasobów biologicznych Morza Bałtyckiego, a wyrazem instytucjonalizacji współpracy było utworzenie Międzynarodowej Komisji  Rybołówstwa Morza Bałtyckiego (IBSFC) z siedzibą w Warszawie w celu kontrolowania stanu zasobów żywych i rybołówstwa;
• Konwencję  o ochronie środowiska morskiego obszaru  Morza Bałtyckiego z 22 marca 1974 r. (tzw. Konwencję Helsińską) – wypracowaną w ramach grupy roboczej oraz przyjętą podczas konferencji dyplomatycznej państw bałtyckich w Helsinkach. Konwencja Helsińska regulowała pozostałe kwestie dotyczące ochrony środowiska morskiego (m.in. substancji niebezpiecznych, zanieczyszczeń pochodzenia lądowego, zanieczyszczeń ze statków, zatapiania na morzu, przeszukiwania i eksploatacji dna morskiego). Konwencja zawierała ponadto przepisy dotyczące współpracy w zwalczaniu zanieczyszczeń morza i współpracy naukowo-technicznej, natomiast samo monitorowanie przestrzegania postanowień Konwencji powierzono utworzonej Komisji Ochrony Środowiska Morskiego Bałtyku (HELCOM) z siedzibą w Helsinkach w Finlandii. Konwencja Helsińska weszła w życie dopiero 3 maja 1980 r.

Pomimo wejścia w życie Konwencji Helsińskiej, współpraca państw regionu Morza Bałtyckiego w okresie zimnej wojny pozostawała mocno ograniczona.

Dopiero zmiany geopolityczne w regionie Morza Bałtyckiego (likwidacja dwóch przeciwstawnych bloków politycznych, pojawienie się nowych państw w regionie), zmieniająca się koncepcja bezpieczeństwa (rozszerzenie jej rozumienia na działania o charakterze niemilitarnym i wypracowanie koncepcji „bezpieczeństwa ekologicznego”), jak i pojawiające się nowe wyzwania środowiskowe na początku lat 90-tych XX w., stanowiły sprzyjające warunki dla nadania nowego impulsu we współpracy państw regionu Morza Bałtyckiego w ramach HELCOM, czego wyrazem stało się przyjęcie zaktualizowanej Konwencji Helsińskiej w 1992 r.

Tekst historycznej  Konwencji Helsińskiej z 1974 r. dostępny jest na stronie Sekretariatu HELCOM w Helsinkach (The original Helsinki Convention of 1974): https://helcom.fi/about-us/convention/.