Khatanga weszła do gdyńskiego portu 2 października 2017 roku w celach remontowo-naprawczych. Planowano realizację tych prac w Stoczni Remontowej NAUTA SA. Kilka dni później, po kontroli przeprowadzonej przez Inspektorat Państwa Portu, Urząd Morski w Gdyni wydał decyzję o zatrzymaniu jednostki w porcie. Wkrótce remont został wstrzymany z powodu ogłoszenia upadłości armatora – rosyjskiej firmy Murmansk Shipping Company. Po tym jednostka przez lata pozostawała w porcie jako mienie o nieuregulowanym statusie prawnym, bez jasności co do podmiotu odpowiedzialnego za jej stan techniczny.

Zarząd Morskiego Portu Gdynia SA, we współpracy z właściwymi instytucjami, podejmował działania mające na celu uporządkowanie prawnej sytuacji jednostki. W grudniu 2024 roku Urząd Morski w Gdyni wydał zarządzenie usunięcia statku z portu, uznając go za odpad stwarzający ryzyko dla żeglugi i środowiska. Od tego momentu prowadzono intensywne przygotowania do wyprowadzenia statku z portu.

Procedura wyprowadzenia jednostki oraz jej transportu do stoczni w Danii objęta jest ścisłą regulacją prawa europejskiego i wymagała współpracy międzynarodowej. Do rozpoczęcia operacji niezbędna była prawomocna decyzja o zgodzie na transgraniczny transport, wydana przez Głównego Inspektora Ochrony Środowiska w porozumieniu z jego duńskim odpowiednikiem. Wydanie decyzji musiało być poprzedzone drobiazgowym i długotrwałym postępowaniem wyjaśniającym po stronie duńskiej w zakresie bezpieczeństwa utylizacji odpadów.