Pochodzący z 1908 roku dworzec odzyskał swoje historyczne piękno i został przystosowany do współczesnych standardów obsługi podróżnych. Budynek stacyjny w Pszczółkach to kolejny dworzec przebudowywany w ramach Programu Inwestycji Dworcowych na lata 2016-2023 z dofinansowaniem ze środków unijnych.

Prace budowlane w Pszczółkach rozpoczęły się jesienią 2019 roku. Od tego czasu dworzec przeszedł prawdziwą metamorfozę, przy zachowaniu jego historycznego neogotyckiego charakteru. Renowacji została poddana elewacja wraz z detalami architektonicznymi. Podczas prac cegłę poddano zabiegom pielęgnacyjnym i konserwacyjnym oraz uzupełniono w niej ubytki. Na elewacji, od strony peronów, umiejscowiono cztery herby – województwa pomorskiego, powiatu gdańskiego oraz Gdańska i Pszczółek. Zostały one namalowane na płycie z blachy nierdzewnej. Ponadto odtworzono na wzór historycznej stolarkę okienną i drzwiową, a także wymieniono poszycie dachowe. Wykonano je z dachówek typu mnich – mniszka, które były niezwykle popularne w średniowieczu, stąd właśnie ich użycie na dachu neogotyckiego dworca w Pszczółkach. Całość uzyskanego podczas przebudowy efektu estetycznego podkreślono nową iluminacją nocną elewacji.

Przebudowa dworca objęła również jego wnętrze. Na parterze zaprojektowano przestrzeń obsługi podróżnych, czyli pomieszczenia kas biletowych, toalet oraz hol – poczekalnię.  Podróżni znajdą w nim ławki, gabloty z rozkładem jazdy, elektroniczne tablice odjazdów i przyjazdów pociągów oraz nowy system informacji głosowej. Ciekawostką w tej przestrzeni jest pozostawienie oryginalnych łuków między kolumnami oraz posadzki ceramicznej wykonanej z bardzo drobnych, głównie niebieskich i białych elementów, w którą wkomponowano ścieżki dotykowe dla osób niedowidzących lub niewidomych.
Usprawnień dla osób o ograniczonej sprawności ruchowej jest więcej. Wśród nich znalazły się m.in. mapy dotykowe z planem dworca, tabliczki w alfabecie Braille’a, toalety specjalnie przystosowane do potrzeb osób z niepełnosprawnościami oraz dla opiekunów z dziećmi. Co niezwykle istotne, wyeliminowano również bariery architektoniczne, takie jak wysokie progi czy zbyt wąskie drzwi oraz zamontowano nową windę. Natomiast od strony peronów przebudowano rampę, umożliwiając tym samym dostęp do holu dworca dla osób na wózkach oraz dla rodziców z małymi dziećmi.

Przebudowa dworca w Pszczółkach sprawiła, że budynek stał się też bardziej ekologiczny. Zamontowano w nim energooszczędne oświetlenie wraz z automatyką sterującą, ograniczając tym samym zużycie energii elektrycznej. Straty ciepła zredukowano poprzez docieplenie budynku od wewnątrz, a także montaż stolarki okiennej i drzwiowej o niskim stopniu przenikalności cieplnej. Bardzo ważnym elementem sprawującym kontrolę nad optymalizacją zużycia energii elektrycznej, cieplnej i wody jest system BMS (Building Management System), nadzorujący pracę instalacji i urządzeń na dworcu. Integruje on również nowoczesne systemy zapewniające bezpieczeństwo podróżnym i budynkowi: monitoringu, kontroli dostępu, sygnalizacji włamania i napadu, a także przeciwpożarowe.  

Przebudowa dworca w Pszczółkach objęła również jego bezpośrednie otoczenie. Wykonano nowe nawierzchnie, uporządkowano tereny zielone, a także zamontowano elementy małej architektury takie jak ławki,  kosze czy oświetlenie terenu. Wzdłuż ulicy zlokalizowano cztery zatoczki postojowe dla samochodów, a na placyku po południowo-wschodniej stronie budynku miejsca parkingowe dla osób z niepełnosprawnościami. Natomiast wzdłuż północno-zachodniej elewacji zamontowane zostały stojaki rowerowe wraz z wiatą dla jednośladów.

Przebudowa dworca w Pszczółkach była współfinansowana ze środków unijnych w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko. Jej łączny koszt to nieco ponad 12 mln złotych.