Zmodernizowana stacja Kraków Bonarka jest tak przygotowana, by łatwo korzystać z niej mogli wszyscy podróżni, również osoby o ograniczonej możliwości poruszania się. Wykonawcy wybudowali dwa perony (200 i 300 metrów długości). Platformy są większe i wyższe od dotychczasowych. Wyposażono je w ścieżki naprowadzające i nawierzchnie o zróżnicowanej strukturze. Na stacji pojawiły się też oznaczenia w alfabecie Braille’a.
 

Nowością jest kładka, która łączy perony z położonymi po obu stronach torów ulicami.  Kładka jest w pełni zadaszona i wyposażona w windy i klatki schodowe. Konstrukcja jest szersza od podobnych tego typu obiektów. W przyszłości, po wykonaniu przez lokalny samorząd następnego etapu prac, obiekt będzie przedłużony, a budowa najazdów pozwoli korzystać z niego również rowerzystom.
 

Wykonawcy na stacji wymienili również tory, rozjazdy i sieć trakcyjną. Pojawiły się nowe urządzenia kolejowe i cyfrowe systemy sterowania ruchem. Dwie nastawnie zostały zastąpione jednym nowoczesnym budynkiem. Pracują w nim kolejarze odpowiedzialni za bezpieczny i sprawny przejazd pociągów.

Na peronach zamontowano wiaty, ławki i tablice informacyjne. Różnią się one od standardowych elementów małej architektury, spotykanych na podobnych stacjach. Są stylizowane i malowane w kolorze antracytowym, podobnie jak latarnie i bariery ochronne. Stacja wpisana jest do rejestru zabytków, a jej współczesne wyposażenie ma przypominać o historii tego miejsca – pierwsze pociągi pojawiły się tutaj w 1884 roku, gdy otwarto Galicyjską Kolej Transwersalną.

Kraków Bonarka będzie pełnić ważną rolę w rozwoju Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej. W kilka minut dojedziemy z niej do centrum miasta, a w kilkanaście do Skawiny. Oprócz tego zatrzymywać się na niej będą pociągi do Zakopanego, Bielska-Białej, Wadowic i Oświęcimia.

Modernizacja krakowskiej Bonarki to element przebudowy linii kolejowej 94, na odcinku od Krakowa Płaszowa do Podborów Skawińskich. W ramach wartej przeszło 250 mln zł inwestycji, finansowanej ze środków budżetowych, powstały m.in. dwa  nowe przystanki – Kraków Opatkowice i Skawina Jagielnia. Nowe oblicze zyskały również stacje w Skawinie i Podborach Skawińskich, oraz przystanki Skawina Zachodnia i Kraków Sidzina.