Na realizację programu, którego głównym celem jest walka z wykluczeniem komunikacyjnym oraz budowa i odbudowa linii kolejowych do mniejszych miejscowości, zaplanowano przeznaczenie 6,6 mld zł do 2028 r.

Kolej Plus to pierwszy program zakładający współpracę rządu i samorządów terytorialnych przy budowie i modernizacji infrastruktury kolejowej. Przewiduje ponadto bezpłatne przekazywanie linii kolejowych samorządom.   

Tereny kolejowe, które obecnie są niewykorzystywane zostaną przywrócone do ponownego użytku na cele transportowe.

• Możliwe będzie przekazywanie linii kolejowych do nieodpłatnego korzystania przez samorządy,
• Ograniczona zostanie likwidacja linii kolejowych. Będzie to możliwe pod warunkiem uzyskania zgody ministra infrastruktury,
• Oczekiwanym efektem będzie przywrócenie ponownego eksploatowania infrastruktury kolejowej na terenach aktualnie nieczynnych lub po zlikwidowanej infrastrukturze kolejowej.

Wojewódzkie przewozy pasażerskie zostaną wsparte za granicą województwa.

• Samorządy województw będą mogły realizować przewozy kolejowe dalej niż do najbliższej stacji za granicą województwa – przyczyni się to do poprawy komunikacji na terenach pozbawionych obecnie dogodnych połączeń kolejowych,
• Rozwiązanie przeznaczone jest przede wszystkim dla organizatorów publicznego transportu zbiorowego (marszałków województw), którzy chcieliby realizować takie połączenia bez potrzeby osobnego zawierania porozumienia między województwami,
• Możliwe będzie przeznaczanie środków Funduszu Kolejowego na finansowanie lub współfinansowanie przez województwa zadań dotyczących zakupu, modernizacji oraz napraw pojazdów kolejowych przeznaczonych do przewozów pasażerskich wykonywanych na podstawie umowy o świadczenie usług publicznych. Dodatkowo, możliwe będzie wykorzystanie środków niewykorzystanych przez województwa w danym roku budżetowym – na realizację zadań w latach następnych.

Program zakłada ponadto zmiany dotyczące przygotowania i realizacji inwestycji kolejowych. Uproszczony zostanie system udzielania gwarancji finansowych umożliwiających rozpoczęcie procedur przetargowych. Usprawni to zaciąganie przez PKP PLK SA zobowiązań finansowych na zadania zaplanowane w Szczegółowym Planie Realizacji Krajowego Programu Kolejowego.

Wprowadzono nowe źródła finansowania, przygotowania i realizacji inwestycji kolejowych, w tym środki uzyskane z emisji skarbowych papierów wartościowych.