Kontrola na granicy z Niemcami odbywać się będzie w 52 punktach. Na granicy z Litwą wytypowano 13 miejsc prowadzenia kontroli, z czego w dwóch miejscach, w dawnych przejściach granicznych Budzisko i Ogrodniki, będą prowadzone kontrole stałe. Dodatkowo kontrole obejmą przejście kolejowe Trakiszki, przez które przejeżdża pociąg relacji Kowno – Kraków.

3 lipca 2025 r. podczas konferencji prasowej w MSWiA wiceminister infrastruktury Stanisław Bukowiec przekazał, że kontrole ruchu kolejowego nie powinny wpływać na opóźnienia pociągów. Straż Ochrony Kolei jest przygotowana do działań związanych z dworcami na ścianie zachodniej i w pobliżu przejścia granicznego z Litwą. W przypadku połączeń kolejowych kontrole graniczne dotyczyć będą 11 pociągów międzynarodowych uruchamianych przez PKP Intercity – 10 przejeżdża przez polsko-niemiecką granicę na odcinku Frankfurt nad Odrą – Rzepin, a jeden przez polsko-litewską granicę na odcinku Trakiszki – Mockava. W sumie na sieci kolejowej nadzorowanej przez PKP PLK obsługiwanych jest 67 połączeń regionalnych, lokalnych i międzynarodowych dziennie.

Obecny na konferencji Generalny Dyrektor Dróg Krajowych i Autostrad Paweł Woźniak zapewnił, że na przejściach granicznych zostanie wprowadzona specjalna organizacja ruchu. Czasowa organizacja ruchu będzie polegać na zwężeniu ruchu na drogach dwujezdniowych do jednego pasa, a cały potok ruchu zostanie skierowany na specjalnie wyznaczone miejsca obsługi podróżnych.

Kontrole w portach lotniczych odbywać się będą na dotychczasowych zasadach.