Prosta, geometryczna bryła, dominanta w postaci wieży zegarowej oraz elewacja ze szkła, aluminium i cegły klinkierowej będą stanowić wyróżnik tego obiektu. Przestrzeń obsługi podróżnych, czyli hol pełniący funkcję poczekalni oraz przyszły lokal handlowy zostaną maksymalnie doświetlone poprzez zastosowanie przeszkleń, zaś zaplecze techniczne dworca będzie ukryte za elewacją z cegły klinkierowej, którą ozdobi geometryczny wzór. Bryłę nowego obiektu uzupełni zintegrowana z nim wiata, pod którą znajdą się ławki dla podróżnych oraz stojaki rowerowe.  
 
Nowy dworzec będzie bardziej funkcjonalny niż obecny, który zostanie wyburzony. Przestrzeń obsługi podróżnych wewnątrz budynku ograniczono w projekcie do toalet oraz holu pełniącego funkcję poczekalni. Podróżni znajdą w niej ławki, gabloty na rozkłady jazdy, elektroniczne tablice przyjazdów i odjazdów pociągów oraz nowoczesny system informacji głosowej.
 
Nowy budynek dworca został zaprojektowany tak, aby był przyjazny wszystkim podróżnym, w tym osobom o ograniczonej sprawności ruchowej. Dlatego już na  etapie projektowania wyeliminowano bariery architektoniczne oraz wprowadzono szereg usprawnień dla pasażerów. Wśród nich są ścieżki prowadzące w budynku dworca i jego bezpośrednim otoczeniu, oznaczenia w alfabecie Braille`a, kontrastowa kolorystyka wnętrz oraz tablice dotykowe z planem dworca.
 
Innowacyjny Dworzec Systemowy w Pruszczu Gdańskim będzie również ekologiczny i bezpieczny. W budynku zostanie zainstalowane energooszczędne oświetlenie wraz z automatyką sterującą. Na dachu zaprojektowano panele fotowoltaiczne. Komfort termiczny w budynku zapewnią odpowiednio dobrane materiały budowlane o niskim współczynniku przenikalności cieplnej, a także pompy ciepła powietrze - powietrze. Pracę całości urządzeń i instalacji na dworcu będzie nadzorował system BMS (Building Management System) odpowiadający również za optymalizację zużycia mediów. Istotnym elementem inwestycji jest poprawa bezpieczeństwa osób i mienia, w tym montaż nowych systemów: monitoringu, kontroli dostępu, sygnalizacji włamania i napadu oraz przeciwpożarowych.
 
Zmieni się aranżacja bezpośredniego otoczenia dworca oraz organizacja ruchu. Na nowo zostaną wytyczone chodniki oraz droga dojazdowa, a także tereny zielone. Tuż przy dworcu zaprojektowano po dwa miejsca parkingowe dla osób z niepełnosprawnościami i samochodów elektrycznych oraz 15 stojaków rowerowych wraz ze słupkiem naprawczym. Aranżację przestrzeni wokół budynku uzupełnią elementy małej architektury (ławki, kosze, oświetlenie).
 
Prace budowlane związane z budową nowego dworca w Pruszczu Gdańskim ruszą w lipcu tego roku, a planowany termin zakończenia inwestycji to pierwsza połowa 2023 roku. Łączny koszt przedsięwzięcia to ok. 7,3 mln zł.