Choć kolej dotarła do Siedlec wraz z budową linii Warszawa-Terespol w latach 60. XIX wieku, to współczesny dworzec nie jest tym historycznym. Obecny budynek został wzniesiony w 1986 roku, a następnie był częściowo przebudowany w latach 90. Inwestycja, realizowana w ramach ogólnopolskiego Programu Inwestycji Dworcowych z dofinansowaniem unijnym z Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko, będzie miała na celu dostosowanie go do współczesnych standardów obsługi podróżnych, a także poprawę jego estetyki.

Metamorfozę przejdzie elewacja budynku, która odzyska ceglany wygląd – właśnie taką posiadał pierwszy wybudowany w 1866 roku dworzec w Siedlcach. Jej górne części zostaną wykończone patynowaną blachą tytanowo-cynkową. W projekcie przebudowy dworca uwzględniono również symetryczne rozstawienie otworów okiennych, a także wymianę stolarki okiennej i drzwiowej. Interesującym zabiegiem będzie też umieszczenie nad wejściem głównym do strefy obsługi podróżnych wielkoformatowego zegara.
 
Sporo zmian czeka podróżnych wewnątrz budynku. Przestrzeń obsługi pasażerów będzie składała się z poczekalni i holu o wysokość dwóch kondygnacji, wokół których na dwóch piętrach skupiono pomieszczenia kas biletowych, toalety oraz lokale handlowo-usługowe. W projekcie parter budynku połączono z pasażem handlowym na piętrze za pomocą klatek schodowych oraz dwóch wind. Hol i poczekalnia zostaną wyposażone w ławki, gabloty z rozkładami jazdy, elektroniczne tablice przyjazdów i odjazdów pociągów oraz nowoczesny system informacji głosowej.

Dzięki inwestycji dworzec zyska wiele usprawnień dla osób o ograniczonej sprawności ruchowej. Oprócz wspomnianych wind będą to m.in. ścieżki prowadzące z polami uwagi, tabliczki w alfabecie Braille’a, dotykowy plan dworca, automatyczne drzwi czy okienka kasowe dostosowane do obsługi osób poruszających się na wózkach. We wnętrzach zastosowana będzie również kontrastowa kolorystyka, co ułatwi przemieszczanie się po obiekcie osobom niedowidzącym.
 
Poprawi się również stan techniczny budynku. Wymienione zostaną wszystkie instalacje i urządzenia wewnętrzne. Nacisk w modernizacji od strony technicznej położono na ekologię i bezpieczeństwo. Na dworcu zostanie zamontowane energooszczędne oświetlenie wraz z automatyką sterującą, a także system BMS (Building Management System), którego jednym z zadań jest optymalizacja zużycia energii elektrycznej, cieplnej oraz wody. Ponadto budynek zostanie w całości ocieplony, a zamontowana w nim nowa stolarka okienna i drzwiowa spełni obowiązujące normy. Z kolei poprzez instalacje nowoczesnych systemów bezpieczeństwa (monitoring, system kontroli dostępu, system sygnalizacji włamania i napadu), w tym przeciwpożarowych, poprawie ulegnie bezpieczeństwo podróżnych i samego budynku.
 
Na nowo zagospodarowany zostanie teren w sąsiedztwie dworca. Pojawią się tam wiata rowerowa z 10 stojakami na jednoślady oraz kilka miejsc parkingowych, w tym jedno przeznaczone dla osób z niepełnosprawnościami. Zamontowane zostaną elementy małej architektury takie jak ławki, oświetlenie czy kosze.
 
Łączny koszt inwestycji to 18,7 mln zł. Planowany termin jej zakończenia to jesień 2022 r.