Struktura organizacyjna HELCOM jest wynikiem postanowień Konwencji Helsińskiej, jak i późniejszych decyzji podjętych w ramach prac samego HELCOM.

W strukturze organizacyjnej HELCOM można wydzielić 4 poziomy:

1. poziom polityczny (ministrowie, Komisja Helsińska oraz przewodniczący delegacji Stron Konwencji);
2. poziom koordynacji politycznej (grupa robocza ds. podejścia ekosystemowego – WG GEAR wraz z podległymi jej grupami eksperckimi);
3. poziom grup roboczych - poziom zarządczy / polityczny (pozostałych 7 grup roboczych HELCOM);
4. poziom grup / sieci eksperckich – poziom naukowy / techniczny.

Diagram przedstawiający strukturę organizacyjną HELCOM:

Źródło: Sekretariat HELCOM w Helsinkach (helcom.fi)

1. Komisja Helsińska (HELCOM)

Funkcjonuje na podstawie art. 16 Konwencji Helsińskiej z 1992 r. Do jej obowiązków należy:

• stała obserwacja wykonywania postanowień Konwencji;
• wydawanie rekomendacji / zaleceń w sprawie środków dotyczących celów Konwencji;
• dokonywanie przeglądu treści Konwencji wraz z załącznikami i zalecanie poprawek
  do Konwencji oraz jej załączników;
• określanie kryteriów kontroli zanieczyszczenia, zadań zmierzających do redukcji zanieczyszczenia oraz zadań dotyczących środków;
• zapewnienie wsparcia w ścisłej współpracy z właściwymi instytucjami rządowymi, podejmowania dodatkowych środków dla ochrony środowiska morskiego obszaru Morza Bałtyckiego i w tym celu:
  – uzyskiwanie z dostępnych źródeł odpowiednich informacji naukowych, technologicznych i statystycznych oraz ich opracowywanie i rozpowszechnianie;
  – wspieranie badań naukowych i technologicznych;
• korzystanie, w razie potrzeby, z usług właściwych regionalnych i innych międzynarodowych organizacji w celu współpracy w badaniach naukowych i technologicznych, jak również z innych odpowiednich działań związanych z celami Konwencji.

Bieżące prace Komisji regulowane są również przez przyjęte wewnętrzne dokumenty dot. kwestii reprezentacji, organizacyjnych oraz finansowych.

Zgodnie z art. 21 Konwencji Helsińskiej z 1992 r. językiem roboczym Komisji Helsińskiej jest j. angielski.

2. Biuro Komisji Helsińskiej (Sekretarz Wykonawczy oraz Sekretariat HELCOM)

Zgodnie z art. 21 Konwencji Helsińskiej z 1992 r. siedziba Sekretariatu HELCOM znajduje się w Helsinkach w Finlandii, a Komisja Helsińska mianuje Sekretarza Wykonawczego (Executive Secretary) i podejmuje działania w celu mianowania także innego personelu Sekretariatu HELCOM, jaki może być niezbędny, oraz określa obowiązki i warunki pracy Sekretarza Wykonawczego.

Szczegółowe obowiązki Sekretarza Wykonawczego, jak i całego Sekretariatu HELCOM zostały określone zostały w ramach regulaminu wewnętrznego Komisji Helsińskiej.

Status Sekretariatu HELCOM oparty jest na porozumieniu pomiędzy rządem Finlandii (jako kraju, na terytorium którego znajduje się Sekretariat HELCOM) a Komisją Helsińską.

3. Przewodniczący delegacji Stron Konwencji.

Strony Konwencji są reprezentowane przez przewodniczących delegacji, którzy biorą udział w spotkaniach politycznych HELCOM.

W ramach Polski przewodniczącym, jak i zastępcą przewodniczącego Stron Konwencji są przedstawiciele Departamentu Gospodarki Morskiej Ministerstwa Infrastruktury.

Informacje na temat Stron Konwencji, dane kontaktowe przewodniczących delegacji, jak i adresy krajowych instytucji zaangażowanych w prace HELCOM dostępne są pod linkiem: https://helcom.fi/about-us/contracting-parties/.

4. Przewodnictwo Stron Konwencji w ramach HELCOM

W ramach HELCOM funkcjonuje mechanizm przewodnictwa poszczególnych Stron Konwencji.

Przewodnictwo ma charakter rotacyjny (cykle 2-letnie, w okresie od 1 lipca do 30 czerwca) pomiędzy Stronami Konwencji zgodnie z kolejnością alfabetyczną nazw Stron Konwencji w j. angielskim, tj.:

• DE – Germany (Niemcy)
• DK – Denmark (Dania)
• EE – Estonia (Estonia)
• EU – European Union (Unia Europejska)
• FI – Finland (Finlandia)
• LT – Lithuania (Litwa)
• LV – Latvia (Łotwa)
• PL – Poland (Polska)
• RU – Russia (Rosja)
• SE – Sweden (Szwecja)

Strona Konwencji sprawująca przewodnictwo w HELCOM działa poprzez wyznaczonego uprzednio Przewodniczącego oraz Wiceprzewodniczącego.

Obecnie przewodnictwo w ramach Komisji Helsińskiej sprawuje Łotwa (w okresie od 1 lipca 2022 r. do 30 czerwca 2024 r.).

Szczegółowe informacje nt. przewodnictwa Łotwy dostępne są pod linkiem: https://helcom.fi/about-us/chairmanship/latvian-chairmanship-2022-24/.

Grupy robocze

Grupy robocze HELCOM zajmują się konkretnymi tematami związanymi ze środowiskiem Morza Bałtyckiego lub działalnością morską.

Grupy te wnoszą główny wkład w prace HELCOM, gromadząc wiedzę naukową i techniczną oraz przekładając swoje ustalenia na polityki, strategie lub zalecenia najlepiej dostosowane do reakcji na konkretny problem mający wpływ na Morze Bałtyckie.

Podział grup roboczych ma charakter przedmiotowy, tj. dot. danego zagadnienia / kategorii zagadnień w ramach szeroko pojętej ochrony środowiska morskiego Morza Bałtyckiego.

W ramach obecnej struktury organizacyjnej HELCOM wyróżnia się 8 grup roboczych HELCOM, tj.:

• WG GEAR (ang. HELCOM Working Group on the Implementation of the Ecosystem Approach) – grupa robocza ds. wdrażania podejścia ekosystemowego;
• WG Maritime (ang. HELCOM Maritime Working Group) – grupa robocza ds. morskich;
• WG Sea-based pressures (ang. HELCOM Working Group on Reduction of Pressures from Sea-based Sources) – grupa robocza ds. redukcji presji pochodzenia morskiego;
• WG Response (ang. HELCOM Response Working Group) – grupa robocza ds. reagowania;
• WG BioDiv (ang. HELCOM Working Group on Biodiversity, Protection and Restoration State of the Environment and Nature Conservation) – grupa robocza ds. bioróżnorodności, ochrony I restytucji stanu środowiska i ochrony przyrody);
• WG Fish (ang. HELCOM Working Group on Ecosystem-based Sustainable Fisheries) – grupa robocza ds. zrównoważonego rybołóstwa;
• WG Source to sea (ang. HELCOM Working Group on the Source to Sea Management of Nutrients and Hazardous Substances and Sustainable Agricultural Practices) – grupa robocza ds. zarządzania składnikami pokarmowymi i substancjami niebezpiecznymi oraz zrównoważonymi praktykami rolniczymi;
• HELCOM-VASAB MSP WG (ang. Joint HELCOM-VASAB Maritime Spatial Planning Working Group) – grupa robocza ds. morskiego planowania przestrzennego.

Grupy / sieci eksperckie

W ramach HELCOM funkcjonują ponadto liczne grupy / sieci eksperckie, które są nadzorowane przez poszczególne grupy robocze HELCOM i podlegają one jej odpowiedzialności, tj.:

• WG GEAR:
  – EG ESA – Expert Group on Economic and Social Analyses​;
  – EG MSFD – Expert Group on EU Marine Strategy Framework Directive (MSFD);
  – EN CLIME – Joint HELCOM/Baltic Earth Expert Network on Climate Change;
• WG BioDiv:
  – EG MaMa – Expert Group on Marine Mammals;
  – EG STUR – Expert Group on Sturgeon Remediation;
  – EG BENTHIC – Expert Group on Benthic Habitats and Biotopes;
  – EG Birdmove – Expert Group on Bird Migration;
  – EG Foodweb – Expert Group on Foodwebs
  – EG MPA – Expert Group on Marine Protected Areas;
  – EG Phyto – Expert Group on Phytoplankton;
  – EG Zoo – Expert Group on Zooplankton;
  – JWG Bird – HELCOM-OSPAR-ICES Joint Working Group on Seabirds​;
• WG Fish:
  – EG FISH-M – Task Force on migratory fish species;
  – EG FishData;
  – CG Aquaculture – Correspondence Group concerning a draft document on Best Available Technology/Best Environmental Practices (BAT/BEP) descriptions for sustainable aquaculture in the Baltic Sea region;
• WG Source to sea:
  – EG MORS – Expert Group on Monitoring of Radioactive Substances in the Baltic Sea;
  – EG Hazardous Substances – Expert Group on Hazardous Substances;
  – EG Eutro – Expert Group on Eutrophication;
  – EG RedCore – Expert Group on Reduction Scheme Core Follow-up;
• WG Maritime:
  – EG AIS – Expert Working Group for Mutual Exchange and Deliveries of AIS data; 
  – GREEN TEAM – Sub-group on Green Technology and Alternative Fuels for Shipping;
  – EG SAFE NAV – Group of Experts on Safety of Navigation​;
  – JTG Ballast & Biofouling – Joint HELCOM/OSPAR Task Group on Ballast Management Convention Exemptions​ (BWMC) and Biofouling;
  – CP PRF – Cooperation Platform on Port Reception Facilities in the Baltic Sea;
• WG Sea-based pressures:
  – EG Marine Litter – Expert Group on Marine Litter;
  – EG Noise – Expert Group on Underwater Noise;
  – EG DREDS – Expert Group on Dredging/Depositing Operations at Sea;
  – EG Submerged – Expert Group on Environmental Risks of Hazardous Submerged Objects;
  – JEG NIS – OSPAR/HELCOM Joint Expert Group on Non-Indigenous Species;
• WG Response:
  – EG Wildlife – Expert Group on Wildlife Response; ​
  – EG SHORE – Expert Coordination Network on Response on the Shore;
  – EG Surveillance;
• HELCOM-VASAB MSP WG:
  – BSR MSP Data - Baltic Sea Region MSP Data Expert Sub-group.

Funkcjonowanie zarówno poszczególnych grup roboczych, jak i grup / sieci eksperckich wyznaczają przyjęte na poziomie spotkań politycznych HELCOM dokumenty, tj.:

• zakresy prac (ang. Terms of Reference – ToR);
• plany działania (ang. Work Plan - WP) dla każdej z grup roboczych czy też grup / sieci eksperckich HELCOM.

Dokumenty te określają ich zakres uprawnień, cele, ramy czasowe, budżety i wymogi w zakresie sprawozdawczości, a także wytyczne dotyczące publikacji i rozpowszechniania wyników prowadzonych badań. Jednocześnie, organy pomocnicze przedkładają do zatwierdzenia programy rocznych prac, jak i roczne sprawozdania.

Szczegółowy opis poszczególnych grup roboczych, jak i grup / sieci eksperckich HELCOM dostępny jest pod linkiem: https://helcom.fi/helcom-at-work/groups/.