Jednym z kierunków ochrony wód jest zabezpieczenie ich przed zanieczyszczeniami pochodzącymi z niedostatecznie oczyszczanych ścieków. Prawne ramy dotyczące zbierania, oczyszczania i odprowadzania ścieków komunalnych wyznacza dyrektywa Rady 91/271/EWG z dnia 21 maja 1991 r. dotycząca oczyszczania ścieków komunalnych (Dz. Urz. WE L 135/40 z 30.05.1991), tzw. dyrektywa ściekowa. Określa ona wymagania wobec zrzutów na różnych obszarach, ich progi dla aglomeracji różnej wielkości, sposoby wyznaczania wielkości ładunku ścieków oraz nakłada na państwa członkowskie obowiązek wyznaczenia obszarów wrażliwych na zanieczyszczenia pochodzenia komunalnego. Dyrektywa zobowiązuje także państwa członkowskie do określenia substancji szczególnie szkodliwych dla środowiska wodnego, warunków, jakie należy spełnić przy wprowadzaniu do wód lub ziemi ścieków, najwyższych dopuszczalnych wartości substancji zanieczyszczających dla ścieków.

Dyrektywę ściekową przenosi do polskiego porządku prawnego szereg aktów prawnych, a przede wszystkim ustawa z dnia 20 lipca 2017 r. – Prawo wodne (Dz. U. z 2021 r. poz. 2233 z późn. zm.). Wykaz pozostałych aktów prawnych regulujących zagadnienia gospodarki ściekowej w Polsce znajduje się na stronie internetowej Państwowego Gospodarstwa Wodnego Wody Polskie.

W Polsce stopień realizacji wdrażania dyrektywy ściekowej dokumentuje Krajowy program oczyszczania ścieków komunalnych (KPOŚK) i jego aktualizacje (AKPOŚK). Dokument ten stanowi wykaz aglomeracji, które muszą zostać wyposażone w systemy kanalizacji zbiorczej i oczyszczalnie ścieków w terminach określonych w Programie. Do chwili obecnej przeprowadzono sześć jego aktualizacji w latach: 2005, 2009, 2010, 2015, 2017 i 2022. Szóstą aktualizację KPOŚK Rada Ministrów przyjęła w dniu 5 maja 2022 r. Zawiera ona listę zadań zaplanowanych przez samorządy do realizacji w latach 2021-2027.

W Ministerstwie koordynowane są prace dotyczące m.in. sporządzania aktualizacji KPOŚK oraz przygotowania sprawozdań z jego wykonania. Na podstawie AKPOŚK oraz sprawozdań z jego realizacji przygotowywany jest raport dotyczący stanu aglomeracji, który przekazywany jest co dwa lata do Komisji Europejskiej. Szczegółowe informacje dotyczące wdrażania dyrektywy ściekowej oraz dokumentów opracowywanych na jej podstawie znajdują się na stronie internetowej Państwowego Gospodarstwa Wodnego Wody Polskie.

Kolejnym zadaniem realizowanym przez Ministerstwo w ramach gospodarki ściekowej jest opracowywanie rozporządzeń dotyczących m.in. określenia substancji szczególnie szkodliwych dla środowiska, warunków, jakie należy spełnić przy wprowadzaniu do wód lub ziemi ścieków, najwyższych dopuszczalnych wartości substancji zanieczyszczających dla ścieków, warunków, jakie należy spełnić przy odprowadzaniu wód opadowych lub roztopowych do wód lub do urządzeń wodnych. Ministerstwo organizuje także prace Międzyresortowego Zespołu do Spraw Krajowego Programu Oczyszczania Ścieków Komunalnych.