Minister Finansów zleca przeprowadzenia audytu wewnętrznego w jednostkach sektora finansów publicznych, z wyłączeniem jednostek, o których mowa w art. 139 ust. 2 ustawy oraz jednostek samorządu terytorialnego.

Zgodnie z art. 293 ust. 2 ustawy audyt wewnętrzny zlecony może być także przeprowadzony na polecenie Prezesa Rady Ministrów.

Natomiast na podstawie art. 293 ust. 1 ustawy Szef Krajowej Administracji Skarbowej może zlecić przeprowadzenie audytu wewnętrznego w zakresie środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej oraz niepodlegających zwrotowi środków z pomocy udzielanej przez państwa członkowskie Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu (EFTA).

Audyt wewnętrzny zlecony jest przeprowadzany przez audytorów wewnętrznych zgodnie z przepisami rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 4 września 2015 r. w sprawie audytu wewnętrznego oraz informacji o pracy i wynikach tego audytu.