Biuro Kontroli i Audytu Wewnętrznego odpowiada za prowadzenie kontroli wewnętrznej i audytu wewnętrznego w komórkach organizacyjnych Ministerstwa Finansów oraz koordynację:

• kontroli prowadzonych w Ministerstwie Finansów przez zewnętrzne organy kontrolne,
• przeciwdziałania nieprawidłowościom dotyczącym działalności Ministerstwa oraz jednostek organizacyjnych podległych Ministrowi lub przez niego nadzorowanych,
• rozpatrywania skarg, wniosków i petycji.

Biuro w uzasadnionych przypadkach może prowadzić kontrolę podmiotów, które otrzymały środki budżetowe z cz. 19 budżetu państwa. Do zadań Biura należy również współpraca z audytorami wewnętrznymi w jednostkach organizacyjnych oraz obsługa Komitetu Audytu dla działów administracji rządowej, którymi kieruje Minister Finansów.