Departament Strategii i Planowania Obronnego uczestniczy w planowaniu rozwoju systemu bezpieczeństwa narodowego oraz odpowiada za definiowanie celów systemu obronnego, programowanie pozamilitarnych przygotowań obronnych, organizowanie procesu planowania operacyjnego w organach administracji publicznej na okres zewnętrznego zagrożenia bezpieczeństwa państwa i czas wojny oraz planowanie i rozliczanie działalności w zakresie planu działalności Ministra. Celem Departamentu jest definiowanie kierunków, celów i działań niezbędnych do utrzymania i rozwoju systemu obronnego państwa.

Departament Szkolnictwa Wojskowego odpowiada za określanie celów i kierunków rozwoju wyższego szkolnictwa wojskowego, realizację zadań na rzecz procesu przygotowania i doskonalenia zawodowego żołnierzy na potrzeby Sił Zbrojnych oraz sprawowanie nadzoru nad uczelniami wojskowymi. Celem Departamentu jest wsparcie rozwoju Sił Zbrojnych poprzez tworzenie warunków do kształcenia kandydatów na oficerów i doskonalenia zawodowego żołnierzy zawodowych.

Departament Wojskowej Służby Zdrowia odpowiada za wyznaczanie kierunków rozwoju oraz funkcjonowanie systemu ochrony zdrowia i opieki psychologicznej oraz systemu orzecznictwa lekarskiego, a także sprawuje nadzór nad SPZOZ i instytutami badawczymi uczestniczącymi w systemie ochrony zdrowia (IB).Celem Departamentu jest stworzenie warunków do funkcjonowania systemu ochrony zdrowia i opieki psychologicznej w resorcie na rzecz pełniących służbę, zatrudnionych, weteranów i weteranów poszkodowanych oraz żołnierzy wojsk sojuszniczych przebywających na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej i ich personelu cywilnego.

Departament Wojskowych Spraw Zagranicznych odpowiada za organizację współpracy międzynarodowej resortu. Celem działania Departamentu jest tworzenie warunków do skutecznej realizacji współpracy międzynarodowej resortu.

Departament Wsparcia Rodzin Wojskowych odpowiada za projektowanie rozwiązań w zakresie wsparcia rodzin wojskowych, monitorowanie ich wdrażania, nadzór nad realizacją programów dotyczących wsparcia rodzin wojskowych i utrzymanie kontaktów ze środowiskiem rodzin wojskowych. Celem Departamentu jest stworzenie warunków dla wsparcia rodzin wojskowych.