Centrum Operacyjne Ministra Obrony Narodowej odpowiada za zarządzanie procesem komunikacji społecznej - zewnętrznej i wewnętrznej resortu - z wyłączeniem informowania o nastrojach w środowisku wojskowym oraz za prowadzenie spraw w zakresie badań społecznych dotyczących obronności. Celem działalności Centrum jest dostarczanie osobom zajmującym kierownicze stanowiska Ministerstwa informacji o społecznym odbiorze prowadzonych działań oraz kształtowanie pozytywnego wizerunku resortu, w tym Ministerstwa.

Biuro Ministra Obrony Narodowej odpowiada za bieżącą obsługę działalności Ministra, sekretarzy stanu i podsekretarzy stanu. Celem działalności Biura jest zapewnienie Ministrowi warunków do kierowania resortem

Biuro Audytu Wewnętrznego odpowiada za prowadzenie audytu wewnętrznego w Ministerstwie i obsługę Komitetu Audytu oraz koordynację audytu wewnętrznego w dziale administracji rządowej obrona narodowa. Celem Biura jest wsparcie Ministra w realizacji celów i zadań poprzez niezależną i obiektywną oraz systematyczną i dokonywaną w sposób uporządkowany ocenę funkcjonujących systemów i procesów w resorcie oraz poprzez doradztwo we wskazanym zakresie.

Biuro Dyrektora Generalnego odpowiada za wsparcie Dyrektora Generalnego w procesach zapewniających funkcjonowanie i ciągłość działania Ministerstwa.Celem działalności Biura jest zapewnienie warunków do skutecznego i efektywnego zarządzania Ministerstwem.

Departament Administracyjny odpowiada za obsługę finansową i logistyczną Ministerstwa oraz struktur poza granicami państwa. Celem Departamentu jest zapewnienie sprawnego funkcjonowania Ministerstwa.

Departament Budżetowy odpowiada za planowanie i wykonywanie budżetu resortu, tworzenie systemu finansowania jednostek budżetowych resortu, organizację służby finansowej w resorcie oraz koordynację w resorcie zadań związanych z wykonywaniem umowy dotyczącej obsługi Funduszu Wsparcia Sił Zbrojnych. Celem Departamentu jest zapewnienie warunków finansowania zadań resortu.

Departament Cyberbezpieczeństwa odpowiada za koordynację w resorcie wykonywania ustawowych zadań Ministra Obrony Narodowej w obszarze cyberbezpieczeństwa. Celem Departamentu jest stworzenie warunków do efektywnej realizacji w resorcie zadań w obszarze bezpieczeństwa cyberprzestrzeni.

Departament Edukacji, Kultury i Dziedzictwa odpowiada za koordynację w resorcie realizacji zadań z zakresu edukacji, kultury i dziedzictwa, tradycji narodowych i orężnych oraz prowadzi współpracę ze społeczeństwem. Celem Departamentu jest stworzenie warunków do kształtowania i upowszechniania pożądanych postaw żołnierzy, personelu cywilnego oraz otoczenia Sił Zbrojnych.

Departament Infrastruktury odpowiada za gospodarowanie nieruchomościami Skarbu Państwa oddanymi w trwały zarząd jednostkom organizacyjnym podległym Ministrowi na cele obronności i bezpieczeństwa państwa, określanie zasad ochrony środowiska w resorcie oraz projektowanie rozwiązań systemowych w zakresie budownictwa wojskowego. Celem Departamentu jest zapewnienie warunków do zarządzania nieruchomościami, rozbudowy i utrzymania infrastruktury wojskowej zgodnie z potrzebami systemu obronnego.

Departament Innowacji odpowiada za zarządzanie w resorcie działalnością naukowo-badawczą w obszarze krajowym i międzynarodowym, wypracowywanie celów polityki innowacji w zakresie swojej właściwości oraz obsługę i merytoryczne wsparcie Pełnomocnika Ministra Obrony Narodowej do spraw przestrzeni kosmicznej. Celem Departamentu jest wsparcie rozwoju Sił Zbrojnych poprzez zapewnienie warunków do podnoszenia innowacyjności w prowadzonej działalności naukowo-badawczej.